1）中国医学科学院肿瘤医院胸外科实验室

胸外科实验室是我国最早建立的胸外科基础和转化医学研究实验室，创始人为中国科学院院士赫捷教授。实验室现为中国医学科学院肿瘤精准医学研究中心、肺癌转化研究重点实验室、肺癌微创治疗研究重点实验室。肿瘤医院胸外科是国家临床重点专科，在复旦大学医院管理研究所“中国医院最佳专科声誉排行榜”自有排名以来一直位列全国第一名。

胸外科实验室的肿瘤遗传资源库是国内最早建立的肺癌、食管癌临床样本库之一，肿瘤遗传资源库现已拥有30余台-80℃医用超低温冰箱在日常运行，以及两处专用地下储藏空间，使用面积约600平方米，已完成恒温恒湿防水通风改造工程，共可容纳超低温冰箱约150台，组织和血液样本约150万份。

高亦博教授自2011年起开展基于二代测序技术的胸部肿瘤基因组学和多组学分子分型研究，肺癌、食管癌样本具有配对完整、经过验证的基因突变谱、甲基化、mRNA和非编码RNA表达谱等多组学、生物标志物和临床特征信息。食管癌、肺癌的多组学研究论文先后发表在遗传学顶刊 Nature Genetics（独立第一作者）, 自然子刊Nature Communications（3篇共同通讯作者）等学科顶尖杂志。

现有实验条件包括分子生物学实验室、细胞和生化实验室、细胞间、样本接收、样本处理、试剂准备、PCR扩增和测序仪专用实验室等独立的功能分区。实验室拥有较为完善的基因组学和分子生物学实验平台, 包括单细胞表达谱建库系统、实时定量PCR系统，普通PCR仪，低温高速离心机，全波长酶标仪、多功能酶标仪、微孔板化学发光检测仪，化学发光成像系统、超微量紫外分光光度计、蛋白电泳系统、多功能凝胶成像仪等；以及其他各种开展分子生物学实验的仪器设备。胸外科实验室细胞间配备有较为完备的细胞培养设备，包括6台二氧化碳培养箱，倒置荧光显微镜，细胞计数仪、以及－80℃低温冰箱等；拥有完备的组织学研究平台，全自动石蜡切片仪，组织芯片制备仪、显微镜及图像采集系统等。

2）国家恶性肿瘤临床医学研究中心转化医学实验室

转化医学实验室于2019年根据科技部《国家恶性肿瘤临床医学研究中心实施方案》和肿瘤医院《关于进一步加强国家恶性肿瘤临床医学研究中心建设的方案》启动筹建，2021年底完成设立，高亦博教授任创始主任。

转化医学实验室隶属国家恶性肿瘤临床医学研究中心管理，工作职责包括：开展防、诊、治新技术、新方法的研究和应用评价；开展基础与临床紧密结合的转化医学研究；组织开展研究成果推广应用，提升本领域疾病诊疗技术水平和服务能力。

现已基本建成肿瘤标志物研究平台，支持使用经典及创新技术进行肿瘤标志物发现、鉴定、检测和应用研究，推动相关的科研转化和社会服务。主要实验设备包括：实时定量PCR、数字PCR、自动核酸提取仪、DNA片段回收系统、多通道组织处理器、超微量数字滴定仪、数字样本切片荧光扫描成像系统、石英晶体微天平、可视化纳米粒度及Zeta电位仪、大容量落地离心机、自动移液工作站等大型设备。

可以完成各类组织和血液样本的分离、提取、建库，各类基因和蛋白标志物的检测、液体活检实验和图像处理、生物信息学分析等。发现和鉴定新的肿瘤筛查早诊和个体化治疗标志物，用于人群筛查、早期诊断、鉴别诊断、分子病理、分子分型，抗肿瘤药物疗效、毒性评价，伴随诊断及个体化用药研究等肿瘤个体化防诊治的全链条。并且仍在持续建设发展过程中。

(1)     科学技术部，国家重点研发计划常见多发病防治研究专项：食管癌变动态演进机制及个体化精准诊疗体系构建，在研，首席科学家

(2)    国家自然科学基金委员会，优秀青年科学基金项目：肿瘤表观遗传与精准诊疗，在研，主持

(3)     国家自然科学基金委员会，面上项目：AJUBA截短突变的功能影响与食管鳞癌癌前病变发生机制研究，在研，主持

(4)     北京市科学技术委员会，首都临床诊疗技术研究及示范应用专项协同创新重点项目：多发肺癌预后因素与分期方案的真实世界研究，在研，主持

(5)     科学技术部，科技创新2030—“新一代人工智能”重大项目：肿瘤多学科诊疗的影像分析辅助系统研究与应用，在研，子课题负责人

(6)    中国医学科学院，医学与健康科技创新工程：消化系统肿瘤转移动态过程中肿瘤微环境异质性构成和进化规律研究，任务负责人

近五年承担的主要科研项目：

1. 科学技术部，国家重点研发计划，常见多发病防治研究专项，食管癌变动态演进机制及个体化精准诊疗体系构建，项目负责人

2. 国家自然科学基金委员会，优秀青年科学基金项目，肿瘤表观遗传与精准诊疗，项目负责人

3. 国家自然科学基金委员会，面上项目，AJUBA截短突变的功能影响与食管鳞癌癌前病变发生机制研究，项目负责人

4. 科学技术部，科技创新2030—“新一代人工智能”重大项目，肿瘤多学科诊疗的影像分析辅助系统研究与应用，子课题负责人

5. 北京市科学技术委员会，首都临床诊疗技术研究及示范应用专项协同创新重点项目，多发肺癌预后因素与分期方案的真实世界研究，课题负责人

6. 北京市科学技术委员会，北京市科技新星计划，食管鳞癌癌前病变进展为浸润癌的关键分子事件研究，项目负责人

7. 中国医学科学院，医学与健康科技创新工程，消化系统肿瘤转移动态过程中肿瘤微环境异质性构成和进化规律研究，任务负责人

8. 中国医学科学院，中央级公益性科研院所基本科研业务费，肺癌新生抗原免疫原性与免疫治疗疗效机制研究，项目负责人

9. 中国医学科学院，中央级公益性科研院所基本科研业务费，食管鳞癌表观遗传修饰酶突变对染色质三维结构的影响研究，项目负责人

10. 中国医学科学院，中央级公益性科研院所基本科研业务费，消化道肿瘤精准医学研究，项目负责人

代表性论文：

1. Xie Jiaming, Yang Yannan, Gao Yibo*, He Jie*. Cuproptosis: mechanisms and links with cancers. Molecular Cancer. 2023;22(1):46.

2. Liu Zongzhi#, Li Xiang#,Gao Yibo#, Liu Jiejie#, Feng Yating, Liu Yang, WangJunyun, Wang Chunmeng, Wang Dongrui*, He Jie*, Han Weidong*, Mei Qian*, SunYingli*. Epigenetic reprogramming of Runx3 reinforces CD8 + T-cell function andimproves the clinical response to immunotherapy. Molecular Cancer. 2023 May16;22(1):84.

3. Zhou Xiaoxiang; Yao Zhuoran; Bai Hua; Duan Jianchun; Wang Zhijie; Wang Xin; Zhang Xue; Xu Jiachen; Fei Kailun; Zhang Zhen; Tan Fengwei; Xue Qi; Gao Shugeng; Gao Yibo*; Wang Jie*; He Jie*;  Treatment-related adverse events of PD-1/PD-L1 inhibitor-based combination therapies in clinical trials: a systematic review and meta-analysis， Lancet Oncology, 2021, 22(9): 1265-1274

4. Wang Wei;  Shao Fei; Yang Xueying; Wang Juhong; Zhu Rongxuan; Yang Yannan; Zhao Gaoxiang; Guo Dong; Sun Yingli; Wang Jie; Xue Qi; Gao Shugeng Gao; Gao Yibo*; He Jie*; Lu Zhimin*;  METTL3 promotes tumour development by decreasing APC expression mediated by APC mRNA N6-methyladenosine-dependent YTHDF binding， Nature Communications, 2021, 12: 3803

4. Li Renda; Yang Zhenlin; Shao Fei; Cheng Hong; Wen Yaru; Sun Sijin; Wei Guo; Zitong Li; Zhang Fan; Xue Liyan; Bi Nan; Wang Jie; Sun Yingli; Li Yin; Tan Fengwei; Xue Qi; Gao Shugeng; Shi Susheng*; Gao Yibo*; He Jie*;  Multi-omics profiling of primary small cell carcinoma of the esophagus reveals RB1 disruption and additional molecular subtypes， Nature Communications, 2021, 12: 3785

6. Yang Xueying; Shao Fei; Guo Dong; Wang Wei; Wang Juhong; Zhu Rongxuan; Gao Yibo*; He Jie*; Lu Zhimin*. WNT/β-catenin-suppressed FTO expression increases m6A of c-Myc mRNA to promote tumor cell glycolysis and tumorigenesis， Cell Death & Disease, 2021, 12(5): 462

7. Shao Fei; Bian Xueli; Jiang Hongfei; Zhao Gaoxiang; Zhu Lei; Xu Daqian; Wang Shuai; Guo Wei; Xing Dongming; Xue Qi; Gao Yibo*; He Jie*; Lu Zhimin*; Association of phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 protein kinase activity-dependent sterol regulatory element-binding protein 1 activation with prognosis of oesophageal carcinoma， European Journal of Cancer, 2021, 142:123-131

8. Yang Zhenlin; Xu Jiachen; Li Lin; Li Renda; Wang Yalong; Tian Yanhua; Guo Wei; Wang Zhijie; Tan Fengwei; Ying Jianming; Jiao Yuchen; Gao Shugeng*; Wang Jie*; Gao Yibo*; He Jie*;  Integrated molecular characterization reveals potential therapeutic strategies for pulmonary sarcomatoid carcinoma， Nature Communications, 2020, 11: 4878

9. Shao Fei; Yang Xueying; Wang Wei; Wang Juhong; Guo Wei; Feng Xxiaoli; Shi Susheng; Xue Qi; Gao Shugeng; Gao Yibo*; Lu Zhimin*; He Jie*; Associations of PGK1 promoter hypomethylation and PGK1-mediated PDHK1 phosphorylation with cancer stage and prognosis: a TCGA pan-cancer analysis， Cancer Communications, 2019, 39: 54

10. Gao Yibo; Chen Zhaoli; Li Jiagen; Hu Xueda; ShiXuejiao; Sun Zengmiao; Zhang Fan; Zhao Ziran; Li Zitong; LiuZiyuan; Zhao Yuda; Sun Jian; Zhou Chengcheng; Yao Ran; WangSuya; Wang Pan; Sun Nan; Zhang Baihua; Dong Jingsi; Yu Yue; Luo Mei; Feng Xiaoli; Shi Susheng; Zhou Fang; Tan Fengwei; Qiu Bin; Li Ning; Shao Kang; Zhang Lijian; Zhang Lanjun; Xue Qi; GaoShugeng; He Jie*;  Genetic landscape of esophageal squamous cell carcinoma， Nature Genetics, 2014, 46(10): 1097-1102