1）牵头国家科技重大专项重大新药创制项目，天然产物来源创新药物品种研发及其关键创新技术体系；

蒋建东长期研究新药，突出贡献之一是发现我国抗菌药物小檗碱是新机理的降脂（降糖）药物。他系统研究了小檗碱降脂降糖的药效、分子机制、化学基础、与肠道菌的相互作用、代谢及产物、临床运用和优势、个性化治疗、及药物复杂体系，并首先提出了药物云理论（dCloud），受到国际关注，成为我国原创药研究的重要范例；临床疗效被多方证实，并用于病人(国家自然科学二等奖，第一完成人)。另一个重要贡献是抗感染研究；首先提出以调控宿主细胞环境为机制的抗病毒理论，旨在克服耐药，相关药物用于临床疗效被证实；抗感染研究2011年获国家科技进步奖二等奖（第一完成人）。在2020年抗新冠研究中，作为主要负责人之一，研究抗冠新药阿兹夫定，目前该药在抗新冠肺炎的三期临床。