1、作为首席专家组建获批“中国医学科学院本草基因组协同创新团队”，被药植所评为优秀团队

团队10名核心成员包括CSC资助哈佛医学院“高级研究学者”1名、协和学者特聘教授2名、康奈尔大学访问学者1名，5名博士生导师、2名硕士生导师。团队成员形成协同创新研究构架，已获国家科技进步奖1项，省部级一等奖3项、三等奖2项，以第一作者或通讯作者在PNAS、Nature Communications、Plant Cell、Biotechnology Advances、Nucleic Acids Research、New Phytologist、Plant Journal、Molecular Plant等期刊发表文章。团队成员已与美国哈佛大学医学院、爱荷华州立大学、英国皇家植物园等建立了密切合作关系，为创建具有国际视野的协同创新团队提供支撑。宋经元研究员团队在2017年1月被药植所评为优秀团队，本人2019年入选国家百千万人才工程、国家有突出贡献中青年专家，享受国务院政府特殊津贴。

2、培养的硕士和博士研究生多人获得国家奖学金、北京市和北京协和医学院优秀毕业生称号，负责的研究生课程入选协和“精品课程”

秉承协和精英办学理念和小规模特色教学，对学生精心培养，指导他们早日成才。培养博士研究生9人，硕士研究生4人，培养的硕士和博士研究生多人获得国家奖学金、北京市和北京协和医学院优秀毕业生称号，本人获得2015年度北京协和医学院优秀教师、2017年国家卫生计生突出贡献中青年专家称号。作为课程负责人创建了北京协和医学院研究生学位课程“本草基因组学”，入选协和2018年“精品建设课程”和2020年“精品课程”。同时作为“药用植物资源学”的主讲教师之一，推动中药DNA鉴定技术和药用植物基因资源发掘的理论宣传与实践应用。

承担国家自然科学基金 6项，国家重大新药创制科技重大专项 1项，国家科技支撑计划 2项，国家863计划 1项，四川省重点研发计划 1项，国家外专局项目 6项等。执行上述项目开展的主要工作和取得的成绩如下：

1、共同创建中草药DNA条形码鉴定技术体系并纳入《中国药典》，入选2016中国十大医学进展，获国家科技进步二等奖1项，省部级一等奖3项

构建中药DNA条形码鉴定数据库，包括中国药典、美国药典、日本药局方、欧盟药典、韩国药典和印度药典收载的几乎所有药材物种，能满足社会各单位对中药材鉴定的需求。英国、美国药典会等机构委派鉴定专家到项目组研修和交流，成功举办多期中药材DNA条形码鉴定高级研修班，已协助国家检验检疫有关部门、公安部有关部门、华润三九等医药公司建立或应用植物DNA条形码鉴定技术。中草药DNA条形码鉴定研究入选2016中国十大医学进展，5篇论文被评为“中国百篇最具影响国内学术论文”。2017年5月Nature专刊发文评述，药植所建立的中草药DNA条形码体系开辟了中药鉴定的新篇章。以第2完成人，获国家科技进步二等奖1项，省部级一等奖3项、省部级三等奖1项。相关指导原则纳入《中国药典分析检测技术指南》（中国医药科技出版社2017）。

2、建立基于多组学技术的药用植物基因资源挖掘和天然产物合成生物学候选元器件功能验证新方法，入选ESI高被引论文和《美国化学会合成生物学》封面文章

主持完成的丹参全长转录组和可变剪切研究作为唯一中药领域论文入选国际经典植物期刊《植物学报》（The Plant Journal）2016-2017年Top5高被引论文，排名第二，2018年该文入选ESI高被引论文。该研究联合二代及三代测序技术首次在植物领域构建全长转录组数据库，揭示丹参酮生物合成的组织特异性及关键酶基因的差异表达规律，预测催化丹参酮合成的候选基因，为中药活性成分生物合成途径解析提供新的思路。同行评审认为：基于杂合测序揭示丹参活性成分合成机理是一个令人激动的里程碑事件，将受到植物代谢领域的广泛关注。在药用模式植物丹参研究中取得一系列突破性进展：完成丹参全基因组解析，突破丹参酮合成途径研究的关键技术，基于基因组学、转录组学、代谢组学技术首次证实2OGD（2-酮戊二烯双加氧酶）催化丹参酮的生物合成 ，相关研究发表在《分子植物》（Molecular Plant）、《实验植物学杂志》（Journal of Experimental Botany）等刊物，为丹参的深入研究提供基础。挖掘西红花苷合成相关的关键酶（CCD、UGT、ALDH等），以大肠杆菌为底盘细胞，通过整合西红花苷合成重要元器件，设计及优化反应体系，实现西红花苷的微生物生产，入选《美国化学会合成生物学》封面文章。

3、突破药用物种复杂基因组结构解析技术瓶颈，建立药用模式物种品质形成机制研究体系，获得栀子优良新品种2个

以第一作者或通讯作者完成丹参、卷柏、金银花、黄芩、半枝莲、栀子、茯苓等药用物种全基因组图谱绘制：丹参成为药用活性成分合成途径和品质形成研究的药用模式物种；解析高杂合度卷柏基因组阐明其耐旱机制，推动干旱胁迫与药用植物品质形成机理研究，被Molecular Plant以Spotlight专题评述；解决数十年来茯苓基因组之谜，揭示其菌核发育机制；破译川续断目植物第一个基因组——金银花基因组，研究金银花花色动态变化的分子机制，发表于百年经典期刊《新植物学家》；比较基因组分析唇形科黄芩属物种黄酮类活性成分的趋同进化机制；揭秘栀子基因组，解析活性成分西红花苷生物合成途径，被美国媒体“Science Daily”报道，获得栀子优良新品种2个。

承担国家自然科学基金 6项，国家重大新药创制科技重大专项 1项，国家科技支撑计划 2项，国家863计划 1项，四川省重点研发计划 1项，国家外专局项目 6项等。

获奖：以第二完成人获国家科技进步二等奖 1项、省部级一等奖 3项、省部级三等奖 1项。

专利：已获得国家发明专利 15项。

发表论文：近年发表论文如下 (^#并列第一作者，*通讯作者)

1. Pu X, Li Z, Tian Y, Gao R, Hao L, Hu Y, HeC, Sun W, Xu M, Peters RJ, Van de Peer Y, Xu Z*, Song Jingyuan*. The honeysuckle genome provides insight into themolecular mechanism of carotenoid metabolism underlying dynamic flowercoloration. New Phytologist. 2020, 227: 930-943.

2. Xu Z#, Pu X#, Gao R,Demurtas O, Fleck S, Richter M, He C, Ji A, Sun W, Kong J, Hu K, Ren F, Song J,Wang Z, Gao T, Xiong C, Yu H, Xin T, Albert V, Giuliano G*, Chen S*, Song Jingyuan*. Tandem geneduplications drive divergent evolution of caffeine and crocin biosyntheticpathways in plants. BMC Biology. 2020, 18: 63. (Highlight文章)

3. Pu X, He C, Yang Y, Wang W, Hu K, Xu Z*, Song Jingyuan*. In vivo production offive crocins in the engineered Escherichiacoli. ACS Synthetic Biology. 2020, 9: 1160-1168. (封面文章)

4. Zhang Y, Ji A, Xu Z, Luo H, Song Jingyuan*. The AP2/ERFtranscription factor SmERF128 positively regulates diterpenoid biosynthesis in Salvia miltiorrhiza. Plant Molecular Biology. 2019, 100: 83–93. (封面文章)

5. Xu Z, Xin T, Bartels D, Li Y, Gu W, Yao H,Liu S, Yu H, Pu X, Zhou J, Xu J, Xi C, Lei H, Song Jingyuan*, Chen S*. Genome analysis of the ancienttracheophyte Selaginella tamariscinareveals evolutionary features relevant to the acquisition of desiccationtolerance. Molecular Plant. 2018, 11(7): 983-994. (Spotlight 评述)

6. Xin T, Xu Z, Jia J, Leon C, Hu S, Lin Y,Ragupathy S, Song Jingyuan*,Newmaster SG*. Biomonitoring for traditional herbal medicinal products usingDNA metabarcoding and single molecule, real-time sequencing. Acta PharmaceuticaSinica B. 2018, 8(3): 488-497.

7. Huang X#, Zhou G#,Wu W#, Duan Y, Ma G, SongJingyuan, Xiao R, Vandenberghe L, Zhang F, D'Amore PA, Lei H*. Genomeediting abrogates angiogenesis in vivo.Nature Communications. 2017, 8(1): 112.

8. Xu Z, SongJingyuan*. The 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase superfamilyparticipates in tanshinone production of Salviamiltiorrhiza. Journal of Experimental Botany. 2017, 68(9): 2299-2308.

9. Chen SL*, Song Jingyuan, Sun C, Xu J, Zhu YJ, Verpoorte R, Fan TP*. Herbalgenomics: Examining the biology of traditional medicines. Science. 2015,347(6219 Suppl): S27-S29.

10. Xu Z#, Peters RJ#,Weirather J, Luo H, Liao B, Zhang X, Zhu Y, Ji A, Zhang B, Hu S, Au KF, Song Jingyuan*, Chen S*. Full-lengthtranscriptome sequences and splice variants obtained by a combination ofsequencing platforms applied to different root tissues of Salvia miltiorrhiza and tanshinone biosynthesis. Plant Journal.2015, 82(6): 951-961.

11. Li QS, Li Y, Song Jingyuan*, Xu H, Xu J, Zhu Y, Li X, Gao H, Dong L, Qian J, SunC, Chen S*. High-accuracy de novo assembly and SNP detection of chloroplastgenomes using a SMRT circular consensus sequencing strategy. New Phytologist.2014, 204(4): 1041-1049.

12. Chen S*#, Pang X#, Song Jingyuan*, Shi L, Yao H, Han J,Leon C. A renaissance in herbal medicine identification: From morphology toDNA. Biotechnology Advances. 2014, 32(7): 1237-1244.

13. 贠凯祎, 徐志超, 宋经元*. 含马兜铃酸中药及其检测研究进展. 中国科学: 生命科学. 2019, 49 (3): 238 -249.

14. 贠凯祎, 向丽, 王晓玥, 刘杨, 姚辉, 宋经元*. 基于便携式和CFX96实时荧光PCR仪的冬虫夏草及其混伪品鉴定研究. 药学学报. 2019, 54(4): 746 -752.

15. 浦香东，徐志超，宋经元*. 基于组学的丹参酮生物合成途径新基因CYP71D375克隆和功能研究. 中国科学:生命科学. 2018, 48(4): 390-398.

16. 辛天怡，李西文，姚辉，韩建萍，宋经元*，陈士林*. 中药材二维DNA条形码流通监管体系研究. 中国科学:生命科学. 2015, 45(7): 695-702.

17. 季爱加, 罗红梅, 徐志超, 张鑫, 宋经元*，陈士林*. 药用植物转录因子AP2/ERF研究与展望. 科学通报. 2015,60(14): 1272-1284.

18. 贾静，石林春，徐志超，辛天怡，宋经元*，陈士林*. 市售鹿茸粉药材的DNA条形码鉴定. 药学学报. 2015, 50 (10): 1356-1361.