导师风采
余佳
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个人信息

Personal Information

  • 教授
  • 导师类别:博士生导师
  • 性别: 男
  • 学历:博士研究生
  • 学位:博士

联系方式

Contact Information

  • 所属院系:基础学院
  • 所属专业: 生物化学与分子生物学
  • 邮箱 : j-yu@ibms.pumc.edu.cn
  • 工作电话 : 010-69156423

个人简介

Personal Profile

余佳,男,1978年生,北京协和医学院长聘教授(首批),研究员,博士生导师,RNA与干细胞生物学研究组组长,医学分子生物学国家重点实验室PI,国家杰出青年科学基金获得者(2017,生命科学部),科技部十三五国家重点研发计划首席科学家(发育与代谢调控),科技部十四五国家重点研发计划指南专家组成员,人社部百千万人才工程国家级人选,中国医学科学院RNA与造血调控研究重点实验室主任。2006年7月毕业于中国医学科学院/北京协和医学院基础医学研究所生化与分子生物学系,理学博士。2006-2007年在美国伊利诺伊大学芝加哥分校工作(Post-doc)。2007-2009年在美国西北大学Feinberg医学院工作(Post-doc)。2009年10月回国加入中国医学科学院基础医学研究所生化系及医学分子生物学国家重点实验室。作为负责人承担国家自然科学基金委重大研究计划、重点项目及面上项目等;作为负责人承担科技部973子课题、国家重点研发计划及国家重大研究计划。余佳博士同时担任中国医学科学院-以色列Weizmann研究所联合实验室PI,中国医学科学院“医学与健康科技创新工程”创新团队项目首席科学家,人血细胞分子图谱(ABC)研究联盟首批倡议及参加成员。余佳实验室主要兴趣集中在造血调控、谱系分化及再生,综合运用干细胞培养及基因操纵等体外实验,造血干细胞移植、基因敲除小鼠及谱系示踪等体内技术,结合多种单细胞组学及计算生物学手段,研究RNA及其互作蛋白质在干细胞中的功能和调控机理。近五年作为通讯作者在Nature Cell Biology、Cell Stem Cell、Developmental Cell、Blood、EMBO Journal、Science Advances、Nature Communications、Genome Research、Genome Biology、Cell Research、Cancer Research、Nucleic Acids Research、Autophagy、Oncogene、MCB等国际学术期刊上发表SCI论文30余篇,被引用4000余次,也作为主要作者在Nature Medicine、Blood及Elife等学术期刊发表多篇论文。目前担任中国生理学会血液生理专业委员会理事;中国细胞生物学会干细胞专业委员会理事;北京市生化协会理事。担任Blood, Nucleic Acids Research, Oncogene, Cancer Research, MCB, JBC等杂志特邀审稿人。


  • 研究方向Research Directions
RNA与干细胞生物学
2. 机电结构优化与控制 研究内容:在对机电结构进行分析和优化的基础上,运用控制理论进行结构参数的调整,使结构性能满足设计要求。1. 仿生结构材料拓扑优化设计, 仿生机械设计 研究内容:以仿生结构为研究对象,运用连续体结构拓扑优化设计理论和方法,对多相仿生结构(机构)材料进行2. 机电结构优化与控制 研究内容:在对机电结构进行分析和优化的基础上,运用控制理论进行结构参数的调整,使结构性能满足设计要求。1. 仿生结构材料拓扑优化设计, 仿生机械设计 研究内容:以仿生结构为研究对象,运用连续体结构拓扑优化设计理论和方法,对多相仿生结构(机构)材料进行整体布局设计。 整体布局设计。
团队展示

王 小 爽

博士,副研究员

国家重点研发计划“干细胞及转化研究专项”青年项目首席

电话:010-65105098

E-mail: cattle1131@163.com


个人简介

女,1985年10月出生,博士,副研究员。2011年7月毕业于中国医学科学院基础医学研究所生化与分子生物学系,理学博士。2011-2016年于中国科学院微生物研究所任助理研究员。2016年9月加入中国医学科学院基础医学研究所生化与分子生物学系,医学分子生物学国家重点实验室工作。作为负责人承担国家自然科学基金委青年基金项目、面上项目,国家重点研发计划“干细胞及转化研究专项”青年项目首席。作为第一作者或共作者在Blood、Nature Communications、Proc Natl Acad Sci U S A、J Infect Dis等国际学术期刊上发表SCI论文10篇。目前研究方向为非编码RNA及RNA结合蛋白在髓系分化及白血病调控中的功能机制,以及非编码RNA加工与成熟的分子机制及其在干细胞分化与相关疾病中的功能机理。


代表性论著 († first author; * corresponding author):

  1. 1. Zhengyi Zhang†, Jingnan Pi†, Dongling Zou†, Xiaoshuang Wang†, Jiayue Xu†, Shan Yu, Ting Zhang, Feng Li, Hualu Zhao, Fang Wang, Dong Wang*, Yanni Ma*, Jia Yu*. microRNA arm-imbalance partially from targets-mediated decay promotes gastric cancer progression. Nature Communications. 2019 Sep. 10 (1):4397.
  2. 2. Hongmei Zhao†, Xiaoshuang Wang†, Ping Yi†, Yanmin Si, Puwen Tan, Jinrong He , Shan Yu, Yue Ren, Yanni Ma, Junwu Zhang, Dong Wang*, Fang Wang*, Jia Yu*. KSRP specifies monocytic and granulocytic differentiation through regulating miR-129 biogenesis and RUNX1 expression. Nature Communications. 2017. 8 1428
  3. 3. Xiaoshuang Wang†, Xin Fan, Shuai Bi, Ning Li, Beinan Wang*. Toll-like Receptors 2 and 4-Mediated Reciprocal Th17 and Antibody Responses to Group A Streptococcus Infection. J Infect Dis. 15;215(4):644-652. 2017
  4. 4. Ning Li†, Aihui Ren, Xiaoshuang Wang, Xin Fan, Yong Zhao, George. F. Gao, P. Patrick Cleary*, Beinan Wang*. Influenza viral neuraminidase primes bacterial coinfection through TGF-β-mediated expression of host cell receptors. Proc Natl Acad Sci U S A. 112(1):238-43. 2015
  5. 5. Xin Fan†, Xiaoshuang Wang†, Ning Li, Honglian Cui, Baidong Hou, Bin Gao, P. Patrick Cleary*, Beinan Wang*. Sortase A Induces Th17-mediated and Antibody-independent Immunity to Heterologous Serotypes of Group A Streptococci. Plos One.9(9):e107638. 2014
  6. 6. Xiaoshuang Wang†, Jianan Gong†, Jia Yu, Fang Wang, Xinhua Zhang, Xiaolin Yin, Zhenqing Tan, Zimian Luo, Guihua Yang, Chao Shen, Junwu Zhang*. MicroRNA-29a and microRNA-142-3p are regulators of myeloid differentiation and acute myeloid leukemia. Blood. 119(21):4992-5004.2012
  7. 7. Fang Wang†, Xiaoshuang Wang†, Guihua Yang†, Pengfei Zhai, Zhen Xiao, Liangyu Xia, Lirong Chen, Yu Wang, Da Gao, Bintao Huang, Jing Wang, Xiaozhong Wang, Laixi Bi, Nian Liu, Yang Yu, Da Gao, Bintao Huang, Jing Wang, Daobin Zhou, Jianan Gong, Hualu Zhao, Xiuhua Bi, Jia Yu, Junwu Zhang. Down-regulation of miR-29a and miR-142-3p and their diagnostic implication in human acute myeloid leukemia. Mol Bio Rep.39(3):2713-2722.2012
  8. 8. Xiaoshuang Wang†, Junwu Zhang. The microRNAs involved in human myeloid differentiation and myelogenous/myeloblastic leukemia.(Review). J Cell Mol Med.12(5A):1445-55. 2008

     高 玉 风

博士,助理研究员

E-mail: gaoyufeng@ibms.pumc.edu.cn

 

个人简介

高玉风,女,1989年11月生,助理研究员。2018年6月毕业于中国科学院北京基因组研究所,基因组学专业,理学博士。2018年7月加入中国医学科学院基础医学研究所生化与分子生物学系,医学分子生物学国家重点实验室工作。作为第一作者在国际学术期刊Blood上发表SCI论文1篇。

目前研究方向为利用组学数据和生物信息学手段描述和刻画造血干细胞发育过程中的动态变化特征。


代表性论著 († first author; * corresponding author):

Yingchi Zhang†, Yufeng Gao†, Hui Zhang†, Jingliao Zhang, Fuhong He,  Aleˇs Hn´ızda, Maoxiang Qian, Xiaoming Liu, Yoshihiro Gocho, Ching-Hon     Pui,  Tao Cheng, Qianfei Wang, Jun J. Yang*, Xiaofan Zhu*, Xin   Liu*.     PDGFRB mutation and tyrosine kinase inhibitor resistance in Ph-like acute lymphoblastic leukemia. Blood. 2018.5.17, 131(20): 2256-2261 

徐嘉悦

博士,助理研究员

E-mail: xujiayue78@126.com 

 

个人简介 

徐嘉悦,女,1988年7月出生,博士,助理研究员。2016年7月毕业于中国科学院北京基因组研究所,理学博士。2016-2018年于中国医学科学院基础医学研究所生化与分子生物学系,医学分子生物学国家重点实验室做博士后。2018-2021年于中国科学院微生物研究所任助理研究员。2021年7月加入中国医学科学院基础医学研究所生化与分子生物学系,医学分子生物学国家重点实验室工作。作为负责人承担国家自然科学基金委青年基金项目。作为第一作者(含共同)在Cell Stem Cell、Genome Research、Arthritis & Rheumatology、Nature Communications、Biology Direct等国际学术期刊发表SCI论文8篇。

目前研究方向为利用多组学手段揭示非编码RNA在造血发育中的功能和机制,以及开展血液疾病中的翻译组学研究。

1. Kai Li†, Jiayue Xu†, Yanyun Luo†, Dingfeng Zou, Ruiqin Han, Shunshun Zhong, Qing Zhao, Xinyu Mang , Mengzhen Li, Yanmin Si , Yan Lu, Pengyu Li, Cheng Jin, Zhipeng Wang, Fang Wang, Shiying Miao, Bo Wen, Linfang Wang, Yanni Ma*, Jia Yu*, Wei Song*. Panoramic transcriptome analysis and functional screening of long noncoding RNAs in mouse spermatogenesis. Genome Research. 2021 Jan. 31(1):13-26. doi: 10.1101/gr.264333.120.

2. Beidi Chen†, Xinmiao Jia†, Jiayue Xu†, Lidan Zhao, Junyi J, Bingxuan Wu, Yue Ma, Hao Li , Xiaoxia Zuo, Wenyou Pan, Xiaohan Wang, Shuang Ye, George C. Tsokos *, Jun Wang*, Xuan Zhang*. An Autoimmunoogenic and Proinflammatory Profile Defined by the Gut Microbiota of Patients With Untreated Systemic Lupus Erythematosus. Arthritis & Rheumatology, 2021 Feb. 73(2):232-243. doi: 10.1002/art.41511.

3. Na Zhao†, Jiabao Cao, † Jiayue Xu†, Beibei Liu, Bin Liu, Dingqiang Chen, Binbin Xia, Liang Chen, Wenhui Zhang, Yuqing Zhang, Xuan Zhang, Zhimei Duan, Kaifei Wang, Fei Xie, Kun Xiao, Wei Yan, Lixin Xie, Hongwei Zhou*, Jun Wang*. Targeting RNA with Next- and Third-Generation Sequencing Improves Pathogen Identification in Clinical Samples. Advanced Science, 2021 Oct. 8(23). doi:10.1002/advs.202102593.

4. Zhengyi Zhang†, Jingnan Pi†, Dongling Zou†, Xiaoshuang Wang†, Jiayue Xu†, Shan Yu, Ting Zhang, Feng Li, Hualu Zhao, Fang Wang, Dong Wang*, Yanni Ma*, Jia Yu*. microRNA arm-imbalance partially from targets-mediated decay promotes gastric cancer progression. Nature Communications. 2019 Sep 27. 10(1):4397. doi: 10.1038/s41467-019-12292-5.

5. Jie Zhou†, Jiayue Xu†, Lingling Zhang†, Siqi Liu†, Yanni Ma†, Xin Wen, Junkai Hao, Zongcheng Li, Yanli Ni, Xianlong Li, Fan Zhou, Qingqing Li, Fang Wang, Xiaoshuang Wang, Yanmin Si, Pengcheng Zhang, Chen Liu, Marisa Bartolomei, Fuchou Tang, Bing Liu*, Jia Yu*, and Yu Lan*. Combined Single-Cell Profiling of lncRNAs and Functional Screening Reveals that H19 Is Pivotal for Embryonic Hematopoietic Stem Cell Development. Cell Stem Cell. 2019 Feb 7. 24(2):285-298. doi: 10.1016/j.stem.2018.11.023.

6. Dapeng Wang*†, Jiayue Xu†, Jun Yu *. KGCAK: a K-mer based database for genome-wild phylogeny and complexity evaluation. Biology Direct. 2015 Sep 16. 10(53):1-2. doi: 10.1186/s13062-015-0083-4.

7. Linping Wang†, Jiayue Xu†, Huchen Li, Lipu Song, Yi Y, Wensheng Zhang, Guiming Liu*, Chengqiang Feng*. The complete mitochondrial genome of Paecilomyces hepiali (Ascomycota, Eurotiomycetes), MITOCHONDRIAL DNA. 2016. 27(2):916-7. doi: 10.3109/19401736.2014.926484.

8. Jiayue Xu†, Jing Sun†, Jinglong Yin†, Liang Wang, Shan Chi, Cui Liu, Lufeng Ren, Xumin Wang*, Tao Liu*, Shuangxiu Wu*, Jun Yu*. Comparative analysis of four essential Gracilariaceae species in China based on whole transcriptomic sequencing. Acta Oceanologica Sinica. 2014. 33(2):54-62. doi:10.1007/s13131-014-0441-6.




项目情况

承担国家科研项目情况:

  1. 科技部国家重点研发计划,2020-2024、跨器官通讯调控造血稳态的代谢机制研究、首席科学家。
  2. 国家自然基金委杰出青年科学基金,2017-2021、造血细胞发育调控、主持。
  3. 国家自然科学基金重点项目,2016-2020、长链非编码RNA在造血髓系链系呈递及分化发育中的功能及机制研究、主持。
  4. 科技部国家重点研发计划,2016-2020、造血干细胞的发育规律及调控机制、参与。
  5. 科技部重大科学研究计划,2015-2019、长非编码RNA在精子发生中的功能及机制、课题负责人。
  6. 国家自然基金委重大研究计划, 2015-2017,中胚层主导性microRNA基因簇的鉴定及其“表型弹性”的分子机制探索,主持。
  7. 国家自然基金委面上项目,2014-2017,Linc-CEBPG与KSRP的相互作用对单核细胞分化的调控作用及机理研究,
  8. 中国医学科学院“医学与健康科技创新工程”创新团队项目,2017-2020、造血干细胞异质性的表观遗传调控机理、首席科学家。
  9. 中国医学科学院“医学与健康科技创新工程”重大协同创新项目,2017-2020、人类血细胞图谱计划、参与(负责人类红细胞图谱)。


报考意向
招生信息
基础学院
硕士研究生
  • 序号
  • 专业
  • 招生人数
  • 年份
博士研究生
  • 序号
  • 专业
  • 招生人数
  • 年份
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学术学位博士
学术学位硕士
专业学位硕士
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科研工作简介

      RNA生物学是系统认识和研究各种RNA的生物发生、分子特征、生物学功能和分子机理的一门学科,也是生命科学的新兴学科。过去二十年里,这一学科得到长足发展,特别是新一代测序技术的出现不但帮助发现了更多编码RNA的特征,而且鉴定了多种非编码RNA分子,是目前国际上最前沿的领域之一。干细胞生物学毫无疑问也是目前国际上最前沿和挑战最大的领域之一。阐明干细胞自我更新和分化的分子调控机理可为再生医学和癌症治疗提供重要支撑。以RNA为切入点研究干细胞生物学具有独特优势:i. 以往被视为遗传信息传递中间站的messenger RNA (mRNA)其实具有远超我们所理解的转录后调控方式,如RNA编辑、RNA修饰、RNA稳定性调节、RNA选择性剪接及RNA选择性加帽或加尾等,这些方式均会引起相应的基因表达变化,从而最终改变遗传信息从DNA向蛋白质的共线性传递。特别是近期关于RNA修饰的研究已经渐渐衍生出RNA表观遗传学这一研究方向;ii. RNA组学,特别是单细胞RNA组学的发展,使我们可以精确描绘发育层级的分子动力学图谱,从而推动了目前中国、美国及欧洲的人类细胞图谱计划;iii. ENCODE计划最重要的贡献之一:非编码RNA的大量发现,更是大大扩充了我们人类对于自身,乃至各个物种的基本遗传和进化认知。但该计划也提出了未来多个重要的挑战,即各种各样的非编码RNA的分子特征是什么,是否具有重要的生物学功能,又有那些独特的分子调控机制?iv. 新冠疫情对人类社会和健康的影响也引发了学界对RNA生物学的重视和再认识,并掀起了相应RNA药物的转化应用热潮。

        课题组主要以胚胎干细胞向中胚层分化、血管内皮-造血转换、胚胎/成体造血干细胞分化为模型,综合运用单细胞测序技术,干细胞培养及基因操纵等体外实验,造血干细胞移植、基因敲除小鼠及谱系示踪等体内技术,结合多种组学和计算生物学手段,研究RNA及其互作蛋白质分子在干细胞中的功能和调控机理,近期也开启了多种疾病的可编程RNA药物研究。


研究成果

      我们实验室过去五年主要以成体造血干细胞谱系分化、胚胎干细胞向中胚层定向分化及消化道癌症为研究模型或对象,鉴定其中起重要作用的非编码RNA及其互作蛋白质并研究它们的作用机理,取得了一系列重要成果:

1.    首次鉴别出RNA表观遗传m6A修饰的核心修饰酶METTL3由于亚细胞定位变化而产生完全独立于经典m6A的新型促翻译机制,并且阐明该调控方式偶联经典m6A修饰是推动包括胃癌、胰腺癌及白血病在内多种肿瘤发生发展的决定性因素(Nature Cell Biology, 2022)。 

2.     利用深度RNA-sequencing结合全基因组DNA-sequencing绘制出造血谱系RNA编辑图谱,发现调控造血干细胞分化的关键编辑基因及其入核后的转录调控机理(Blood, 2021);

3.    通过系统性调查假基因的表达特征及与疾病的关联,发现假基因HBBP1演化出调控人红细胞发育及疾病的重要作用及全新机制(Developmental Cell,2021);

4.      利用单细胞测序技术绘制出造血干细胞发育全程的lncRNA及RNA剪接图谱,并揭示调控“内皮-造血”转换的关键lncRNA及其表观遗传调控机理(Cell Stem Cell, 2019),揭示了造血干细胞特异性的RNA可变剪接事件及其调控机制(Science Advances, 2022);同时描绘了精子发育全程的lncRNA图谱,揭示了其中关键的功能性lncRNA(Genome Res., 2020);

5.      利用转录组测序技术揭示造血干细胞向粒系/单核系分化命运选择中的自噬分子表型(Autophagy, 2018);

6.      揭示RNA结合蛋白QKI5调控造血干细胞向红细胞分化(Cell Research, 2017),RNA结合蛋白KSRP调控造血干细胞向粒系/单核系分化命运选择 (Nat. Commun., 2017);

7.      利用单细胞测序技术绘制出造血干细胞发育过程mRNA分子表达谱并证明自噬相关分子在造血干细胞发育中存在阶段特异性表达及重要功能(Autophagy, 2017);

8.      解决了自微小RNA发现以来的一个重要科学问题即微小RNA初级转录本茎环结构远端序列是否具有调节功能?证明茎环远端序列存在功能性RNA模体,并且这些RNA模体可通过RNA结合蛋白和RNA高级结构介导参与微小RNA加工(Cell Research, 2017);基于该理论进一步通过生物信息学手段建立了蛋白质-RNA互作事件数据库Raid 2.0 (Nucl. Acids Res, 2017) ;

9.      鉴定了胚胎干细胞定向中胚层分化的关键微小RNA基因簇并发现其“表型弹性”现象和产生机理 (EMBO J., 2015);系统性揭示了RNA结合蛋白在胚胎干细胞多能性退出中的作用,发现hnRNPLL通过调控mRNA可变剪接促进胚胎干细胞退出多能性(EMBO J., 2020);

10.      鉴定了成体造血干细胞向髓系分化的关键微小RNA基因/基因簇 (Blood, 2012;Cell Death&Differentiation, 2014);

11.      揭示微小RNA与红系分化关键转录因子间的多重互作机制 (Nucl. Acids Res,2013, 2014; Mol. Cel. Biol, 2013);发现RISC复合物成员Ago2介导的微小间"cross talk"是红系分化的重要分子事件(Cell Research, 2011);

12.  鉴定了多个可用于急性髓系白血病诊治的微小RNA靶标(Oncogene, 2015,2016; PLoS Genetics, 2016);通过全外显子组和转录组测序描绘了无功能垂体内分泌肿瘤各亚型临床表型异质性的分子图谱,提出了侵袭性诊断的新型分子标志物 (Theranostics, 2021);

13.  鉴定了多个消化道癌症发生相关的微小RNA并阐明其致癌机理 (Nat. Commun., 2019; Mol Oncol. 2019;Cancer Research, 2015; Carcinogenesis, 2014; Cancer Research, 2010; JHepatol, 2010;);

14.  发现RNA结合蛋白及长非编码RNA可以调控髓系分化及胃癌发生(Cancer Research, 2020; Nucl. Acids Res, 2020; Mol.Cel. Biol, 2015)。

代表性论著 († first author; * correspondingauthor):

1.       Xueju Wei†, Yue Huo†, Jingnan Pi†, Yufeng Gao†, Shuan Rao†, Manman He†, Qinglv We, Peng Song , Yiying Chen, Dongxu Lu, Wei Song, Junbo Liang, lingjie Xu, Haixia Wang, Guolin Hong, Yuehong Guo, Yanmin Si, Jiayue Xu, Xiaoshuang Wang, Yanni Ma, Shuyang Yu, Dongling Zou*, Jing Jin*, Fang Wang*, Jia Yu*. METTL3 preferentially enhances non-m6A translation of epigenetic factors and promotes tumorigenesis. Nature Cell Biology. 2022. In press

2.       Fang Wang†, Puwen Tan†, Pengcheng Zhang†, Rue Ren†, Jie Zhou, Yunqiao Li, Siyuan Hou, Linlin Zhang, Yanni Ma, Chaojie Wang, Wanbo Tang, Xiaoshuang Wang, Yue Hou, Yongfei Hu, Tianyu Cui, Yu Lan*, Dong Wang*, Bing Liu*, Jia Yu*. Single-cell architecture and functional requirement of alternative splicing during hematopoietic stem cell formation. Science Advances. 7 Jan 2022. Vol 8, Issue 1. DOI: 10.1126/sciadv.abg5369

3.       Yue Ren†, Yue Huo†, Weiqian Li†, Manman HeSiqi LiuJiabin YangHongmei ZhaoLingjie XuYuehong GuoYanmin SiHualu ZhaoShuan RaoJing WangYanni MaXiaoshuang Wang*, Jia Yu*, Fang Wang*. Nuclear fractionation reveals chromatin-enriched RNA-binding proteins and transcriptional regulatory activity of QKI5 during monocytic differentiation. Genome Biology. 14 October 2021. 22(290). https://doi.org/10.1186/s13059-021-02508-7

4.       Fengjiao Wang†, Jiahuan He†, Siqi Liu†, Shao Hao, Ai Gao, Liu Yang, Guohuan Sun, Wanqiu Ding, Chuanyun Li, Fang Wang, Xiaoshuang Wang, Ping Zhu, Yanni Ma*, Hui Cheng*, Jia Yu*, Tao Cheng*. Comprehensive RNA editome Reveals edited Azin1 as a novel DDX1 partner to facilitate hematopoietic stem cell differentiation. Blood. 18 November 2021. 138(20):1939-1952. https://doi.org/10.1182/blood.2021011314 [ Cover Story]

5.       Yanni Ma, Zhongyang Chen, Jia Yu*. Pseudogenes and their potential functions in hematopoiesis. Experimental Hematology. 2021 Nov 01. 103:24-29 DOI:https://doi.org/10.1016/j.exphem.2021.09.001. [Invited PERSPECTIVE]

6.       Jingnan Pi†, Wen Wang†, Ming Ji, Xiaoshuang Wang, Xueju Wei, Jing Jin, Tao Liu, Jiaqi Qiang, Zhihong Qi, Feng Li, Yue Liu, Yanni Ma, Yanmin Si, Yue Huo, Yufeng Gao, Yiying Chen, Lei Dong, Rui Su, Jianjun Chen, Shuan Rao, Ping Yi, Shuyang Yu, Fang Wang*, Jia Yu*. YTHDF1 promotes gastric carcinogenesis through controlling the translation of FZD7. Cancer Research. 2021 May 15. 81(10): 2651-2665. DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-20-0066

7.       Yanni Ma†, Siqi Liu†, Jie Gao†, Chunyan Chen†, Xin Zhang†, Hao Yuan, Zhongyang Chen, Chenguang Sun, Yanan Mao, Fanqi Zhou, Yi Shao, Qian Liu, Jiayue Xu, Li Cheng, Xiaolin Yin, Daqi Yu, Pingping Li, Ping Yi, Jiahuan He, Guangfeng Geng, Qing Guo, Yanmin Si, Hualu Zhao, Haipeng Li, Graham L. Banes, He Liu, Yukio Nakamura, Ryo Kurita, Yue Huang, Xiaoshuang Wang, Fang Wang, Gang Fang, James Douglas Engel, Lihong Shi*, Yong E. Zhang*, Jia Yu*. Genome-wide analysis of pseudogenes reveals HBBP1’s human-specific essentiality in erythropoiesis and implication in ß-thalassemia. Developmental Cell. February 22, 2021. 56, 478–493, DOI: https://doi.org/10.1016/j.devcel.2020.12.019

8.       Xue Wang†, Changyun Ping†, Puwen Tan†, Chenguang Sun, Guang Liu, Tao Liu, Shuchun Yang, Yanmin Si, Lijun Zhao, Yongfei Hu, Yuyan Jia, Xiaoshuang Wang, Meili Zhang, Fang Wang, Dong Wang*, Jia Yu*, Yanni Ma*, Yue Huang*. hnRNPLL controls pluripotency exit of embryonic stem cells by modulating alternative splicing of Tbx3 and Bptf. The EMBO Journal. 2021. 40(4): DOI 10.15252/embj.2020104729

9.       Kai Li, Jiayue Xu, Yanyun Luo, Dingfeng Zou, Ruiqin Han, Shunshun Zhong, Qing Zhao, Xinyu Mang, Mengzhen Li, Yanmin Si, Yan Lu, Pengyu Li, Cheng Jin, Zhipeng Wang, Fang Wang, Shiying Miao, Bo Wen, Linfang Wang, Yanni Ma*, Jia Yu*, Wei Song*. Panoramic transcriptome analysis and functional screening of long noncoding RNAs in mouse spermatogenesis. Genome Research. 2021 Jan. 31(1):13-26. DOI 10.1101/gr.264333.120

10.        XinjieBao†, Gengchao Wang†, Shan Yu†, Jian Sun, Hualu Zhao, Yanni Ma, Fang Wang, Xiaoshuang Wang*,Renzhi Wang*, Jia Yu*. Transcriptomic analysis reveals a tumorsubtype-mRNA classifier for invasive non-functioning pituitary adenomadiagnostics. Theranostics. 2021 Jan 1; 11(1):132-146.

11.        TaoLiu†, Qinglv Wei†, Jing Jin†,Qingya Luo, Yi Liu, Yu Yang, Chunming Cheng, Lanfang Li, Jingnan Pi, Yanmin Si,Hualiang Xiao, Li Li, Shuan Rao, Fang Wang, Jianhua Yu, Jia Yu*,Dongling Zou*, Ping Yi*. The m6A reader YTHDF1 promotes ovariancancer progression via augmenting EIF3C translation. Nucleic Acids Research. 2020. 48(7):3816-3831.

12.       Zhengyi Zhang†, Jingnan Pi†, DonglingZou†, XiaoshuangWang†, Jiayue Xu†, Shan Yu,Ting Zhang, Feng Li, Hualu Zhao, Fang Wang, Dong Wang*, Yanni Ma*, Jia Yu*. microRNA arm-imbalancepartially from targets-mediated decay promotes gastric cancer progression. Nature Communications. 2019 Sep. 10 (1):4397.

13.       Dong L†, ZhangZ†, Xu J,Wang F, Ma Y, Li F, Shen C, Liu Z, Zhang J, Liu C*, Yi P*, Yu J*. Consistency analysis of microRNA-arm expression revealsmicroRNA-369-5p/3p as tumor suppressors in gastric cancer. Mol Oncol. 2019Jul;13(7):1605-1620

14.    Jie Zhou†, Jiayue Xu†, Lingling Zhang†, Siqi Liu†, Yanni Ma†, Xin Wen, Junkai Hao, Zongcheng Li, Yanli Ni,Xianlong Li, Fan Zhou, Qingqing Li, Fang Wang, Xiaoshuang Wang, Yanmin Si,Pengcheng Zhang, Chen Liu, Marisa Bartolomei, Fuchou Tang, Bing Liu*, Jia Yu*, and Yu Lan*. CombinedSingle-Cell Profiling of lncRNAs and Functional Screening Reveals that H19 IsPivotal for Embryonic Hematopoietic Stem Cell Development. Cell Stem Cell. 2019 Feb7. 24; 285-298

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