肿瘤病因学教研室介绍

       目前由林东昕院士担任主任，谭文教授担任副主任。研究生招生专业为肿瘤学（基础）。本教研室的主要研究方向和目标是探讨肿瘤发生和发展的分子机制，从中甄别出可应用于肿瘤早期诊断、个体化治疗、预后判断、以及预防或干预的分子标志物或分子靶点。开展肿瘤基因异常表达的分子机制研究：运用新一代测序等技术平台，在全基因组水平研究特定肿瘤组织中表达失调基因的遗传和表遗传改变，阐明肿瘤发生发展中基因表达异常的机制，为预防、个体化治疗和发现药物和治疗靶点提供新思路。本研究室建于1971年，2001年成为“癌发生及预防分子机理”北京市重点实验室。截至2020年6月，肿瘤病因学教研室有教学和科研人员8人，其中博士生导师5人：林东昕、吴晨、谭文、张开泰、姜伟。硕士生导师2人：肖汀、冯林。教学秘书1人：余茜颖。其中有中国工程院院士1人，国家青年千人和杰出青年基金获得者1人。

        肿瘤病因学教研室教学团队负责并参加了多项国家及省部级课题，包括：国家973计划项目，国家863项目，国家支撑计划，国家科技重大专项，国家重大科学仪器开发专项，国家新药创制重大专项，国家自然科学基金创新团队、重点项目、重点国际合作项目、重大研究计划、面上项目、青年基金等，北京市自然科学基金，教育部新世纪优秀人才支持计划，教育部高校博士点学科基金，北京市教育共建实验室，北京市科技计划重大项目等 。2012年至2019年期间，累计发表学术论文152篇，其中SCI收录学术论文121篇，包括Nature Genetics，Nature Medicine，Nature Communications，Gut，Gastroenterology，Cancer Research等顶级学术期刊，总影响因子约为1023分。

       肿瘤学（基础）专业研究生培养取得突出成绩，林东昕院士课题组培养的于春媛、张雪梅、孙瞳和吴晨的博士学位论文被评为全国优秀博士学位论文，杨明、赵丹、翟侃的博士学位论文入选北京市优秀博士学位论文，常江、郑健、黄旭东、程欣欣和赵艳洁的博士学位论文入选北京协和医学院优秀博士学位论文。

吴晨2020年第一负责人承担在研科研项目

2020—2021    武汉市人群新冠病毒感染及抗体水平调查  中国医学科学院医学与健康科技创新工程

2020—2024    肿瘤的分子变异与微环境  国家自然科学基金基础科学中心项目（81988101）

2019—2023    北京高校卓越青年科学家计划项目

2018—2022    遗传学与基因组学  国家杰出青年科学基金项目（81725015）

2016—2020    中国人群肿瘤遗传易感基因的深入挖掘与鉴定  国家重点研发计划（2016YFC1302701）

2016—2020    食管癌发生发展的关键代谢靶点的发现及其功能研究   中国医学科学院医学与健康科技创新工程（2016-I2M-4-002）

2020—2021    武汉市人群新冠病毒感染及抗体水平调查  中国医学科学院医学与健康科技创新工程

2020—2024    肿瘤的分子变异与微环境  国家自然科学基金基础科学中心项目（81988101）

2019—2023    北京高校卓越青年科学家计划项目

2019—2020    中国医学科学院多疾病多组学综合分析平台  中国医学科学院医学与健康科技创新工程（2019-I2M-2-001）

2018—2022    遗传学与基因组学  国家杰出青年科学基金项目（81725015）

2016—2020    中国人群肿瘤遗传易感基因的深入挖掘与鉴定  国家重点研发计划（2016YFC1302701）

2016—2020    食管癌发生发展的关键代谢靶点的发现及其功能研究   中国医学科学院医学与健康科技创新工程（2016-I2M-4-002）

2015—2018    PLCE1及其反义RNA相互作用在食管癌发生发展中的机制研究  国家自然科学基金面上项目（81472614）

2014—2016    食管癌多维度分子网络研究  国家高技术研究发展计划（SS2014AA020601）

研究贡献

恶性肿瘤是基因与环境交互作用引起的复杂疾病，系统揭示和阐明引起肿瘤的内因和外因，是实现肿瘤防治的重要基础。吴晨长期在科研一线从事肿瘤遗传学与肿瘤基因组学研究。通过开展中国最大的食管癌防治队列研究，建立食管癌基因组动态样本库和大数据库，构建癌变及进展风险预测模型，深入挖掘肿瘤基因组动态演进的分子机制，整合中国人群高发鳞癌及消化道恶性肿瘤多组学研究，推动中国人群食管癌的精准防治。

主要研究内容聚焦于：（1）运用全基因组关联研究策略，揭示食管癌、胃癌、胰腺癌、肺癌等恶性肿瘤易感基因或致病基因，为肿瘤的风险评估、早期检测和寻找防治措施提供依据；（2）通过多组学整合分析，构建食管癌易感基因和驱动基因全景，同时揭示酒精代谢基因变异与饮酒交互作用是食管癌重要病因；（3）深入挖掘组学数据并进行系统的功能基因组学筛查，通过细胞生物学和分子生物学等技术，阐明关联研究发现的易感基因及其变异的生物学功能, 为肿瘤个体化和精准医疗以及寻找药物靶点提供基础；（4）不同人群的遗传背景存在显著的差异，通过与多国家科学家紧密合作，绘制了不同人群、不同肿瘤的遗传图谱，为研究不同地区人群肿瘤发病风险差异原因提供了重要线索，不仅推进了对肿瘤遗传学的认识，而且极大提高了中国遗传学在国际的地位和影响力，在全基因组关联研究领域中起到引领作用。

2016 年以来主要代表性文章

1. Chu J, Niu X, Chang J,Shao M, Peng L, Xi Y, Lin A, Wang C, Cui Q, Luo Y, Fan W, Chen Y, Sun Y, Guo W,Tan W, Lin D, Wu C (2020). Metabolic remodeling by TIGARoverexpression is a therapeutic target in esophageal squamous-cell carcinoma.Theranostics, 10(8), 3488-3502. (co-corresponding author)

2. Chang J, Tian J, Zhu Y, Zhong R, Zhai K, LiJ, Ke J, Han QQ, Lou J, Chen W, Zhu B, Shen N, Zhang Y, Gong Y, Yang Y, Zou D,Peng X, Zhang Z, Zhang X, Huang K, Yang M, Wang L, Wu C, Lin D, Miao X. Exome-wideanalysis identifies three low-frequency missense variants associated withpancreatic cancer risk in chinese populations. Nat Commun 2018;9(1) 3688. (co-corresponding author)

3. PengL, Cheng S, Lin Y, Cui Q, Luo Y, Chu J, Shao M, Fan W, Chen Y, Lin A, Xi Y, SunY, Zhang L, Zhang C, Tan W, Gao G, Wu C, Lin D (2018). CCGD-ESCC: A Comprehensive Databasefor Genetic Variants Associated with Esophageal Squamous Cell Carcinoma inChinese Population. Genomics ProteomicsBioinformatics 16(4):262-268. (co-corresponding author)

4. Chang J, Tian J, Zhu Y, Zhong R, Zhai K, Li J, Ke J,Han Q, Lou J, Chen W, Zhu B, Shen N, Zhang Y, Gong Y, Yang Y, Zou D, Peng X,Zhang Z, Zhang X, Huang K, Yang M, Wang L, Wu C, Lin D, Miao X (2018).Exome-wide analysis identifies threelow-frequency missense variants associated with pancreatic cancer risk inChinese populations. Nat Commun 9(1):3688.(corresponding author)

5. HuangX, Zheng J, Li J, Che X, Tan W, Tan W, Shao M, Cheng X, Du Z, Zhao Y, Wang C, Wu C, Lin D (2018). Functional role of BTB and CNC Homology 1 gene in pancreatic cancer andits association with survival in patients treated with gemcitabine. Theranostics:3366-3379. (corresponding author)

6. Li J,Tan W, Peng L, Zhang J, Huang X, Cui Q, Zheng J, Tan W, Wu C, Lin D (2018). Integrativeanalysis of gene expression profiles reveals specific signaling pathwaysassociated with pancreatic duct adenocarcinoma. Cancer Commun (Lond)38(1):13. (corresponding author)

7. Chang J, Zhong R, Tian J,Li J, Zhai K, Ke J, Lou J, Chen W, Zhu B, Shen N, Zhang Y, Zhu Y, Gong Y, YangY, Zou D, Peng X, Zhang Z, Zhang X, Huang K, Wu T, Wu C, Miao X, Lin D (2018). Exome-wideanalyses identify low-frequency variant in CYP26B1 and additional codingvariants associated with esophageal squamous cell carcinoma. NatGenet 50(3):338-343. (co-corresponding author)

8. Qionghua Cui, Linna Peng, Lixuan Wei, Jiang Chang, Wenle Tan,Yingying Luo, Xudong Huang,Yanjie Zhao, Li J, Chu J, Shao M, Zhang C, Li C, Tan W, Lin D, Wu C (2018). Genetic variant repressing ADH1A expressionconfers susceptibility to esophageal squamous-cell carcinoma. Cancer Lett 421:43-50. (corresponding author)

9.  Wei L,Shao M, Zhao Y, Zheng J, Chu J, Chang J, Cheng X, Qionghua C, Peng L, Luo Y,Tan W, Tan W, Lin D, Wu C (2018). Functional role of PLCE1 intronic insertionvariant associated with susceptibility to esophageal squamous-cell carcinoma.Carcinogenesis 39(2):191-201. (corresponding author)

10.  Zhao Y, Wei L, Shao M, Huang X, Chang J, Zheng J, Chu J,Cui Q, Peng L, Luo Y, Tan W, Tan W, Lin D, WuC (2017). BRCA1-Associated ProteinIncreases Invasiveness of Esophageal Squamous Cell Carcinoma. Gastroenterology 153:1304-1319. (co-corresponding author)

11.  Chang J, Tan W, Ling Z, Xi R, Shao M, Chen M, Luo Y, ZhaoY, Liu Y, Huang X, Xia Y, Hu J, Parker JS, Marron D, Cui Q, Peng L, Chu J, LiH, Du Z, Han Y, Tan W, Liu Z, Zhan Q, Li Y, Mao W, Wu C, Lin D (2017). Genomicanalysis of oesophageal squamous-cell carcinoma identifies alcoholdrinking-related mutation signature and genomic alterations. Nat Commun 8:15290. (co-correspondingauthor)

12.  Cheng X, Wei L, Huang X, Zheng J, Shao M, Feng T, Li J,Han Y, Tan W, Tan W, Lin D, Wu C(2017). Solute Carrier Family 39 Member 6Gene Promotes Aggressiveness of Esophageal Carcinoma Cells by IncreasingIntracellular Levels of Zinc, Activating Phosphatidylinositol 3-KinaseSignaling, and Up-regulating Genes That Regulate Metastasis. Gastroenterology 152:1985-1997.e12.(co-corresponding author)

13.  Pan W, Zhou L,Ge M, Zhang B, Yang X, Xiong X, Fu G, Zhang J, Nie X, Li H, Tang X, Wei J, ShaoM, Zheng J, Yuan Q, Tan W, Wu C,Yang M, Lin D (2016). Whole exome sequencing identifies lncRNA GAS8-AS1 andLPAR4 as novel papillary thyroid carcinoma driver alternations. Hum Mol Genet 25:1875-1884. (co-corresponding author)

14.  ZhengJ, Huang X, Tan W, Yu D, Du Z, Chang J, Wei L, Han Y, Wang C, Che X, Zhou Y,Miao X, Jiang G, Yu X, Yang X, Cao G, Zuo C, Li Z, Wang C, Cheung ST, Jia Y,Zheng X, Shen H, Wu C, Lin D (2016).Pancreatic cancer risk variant in LINC00673 creates amiR-1231 binding site and interferes with PTPN11 degradation. Nat Genet 7:11843. (co-correspondingauthor)