科技部国家干细胞重点研发计划（青年项目）多能干细胞向内皮前体细胞分化的协同调控机制研究 课题组长

科技部国家干细胞重点研发计划  干细胞多能性退出及向血液谱系分化的机制与应用研究课题骨干

国家自然科学基金面上项目 长的非编码RNA在人定向性红系造血分化中的作用 主持

中国医学科学院创新工程 染色质互作分子在细胞命运决定中的功能及作用机制研究 课题组长

1.      Zhang, Y., Zhang, J., An, W., Wan, Y., Ma, S., Yin, J., Li, X., Gao, J., Yuan, W., Guo, Y., Shi L*., Cheng T*., Zhu X*. (2017). Intron 1 GATA site enhances ALAS2 expression indispensably during erythroid differentiation. Nucleic acids research 45, 657-671.（共同通讯）

2.       Shi, L., Cui, S., Engel, J.D., and Tanabe, O. Lysine-specific demethylase 1 is a therapeutic target for fetal hemoglobin induction.Nat Med.2013.19(3): 291-294. Highlighted by Nature Reviews Drug Discovery and highlighted by Nature as a featured article for sickle cell disease: http://www.nature.com/nature/outlook/sickle-cell/#editorial

3.      Shi, L., Sierant, M.C., Gurdziel, K., Zhu, F., Cui, S., Kolodziej, K.E., Strouboulis, J., Guan, Y., Tanabe, O., Lim, K.C., et al. (2014). Biased, Non-equivalent Gene-Proximal and -Distal Binding Motifs of Orphan Nuclear Receptor TR4 in Primary Human Erythroid Cells. PLoS Genet. 10, e1004339.

4.      Shi, L.*, Lin, Y.H.*, Sierant, M.C., Zhu, F., Cui, S., Guan, Y., Sartor, M.A., Tanabe, O., Lim, K.C., and Engel, J.D. (2014). Developmental transcriptome analysis of human erythropoiesis. Hum Mol Genet.      Zhu F*, Shi L*, Engel JD, Guan Y. Regulatory network inferred using expression data of small sample size: application and validation in erythroid system. Bioinformatics. 2015;31(15):2537-2544. (*Co-first author)

6.      Feng, G., Zhang, T., Liu, J., Ma, X., Li, B., Yang, L., Zhang, Y., Xu, Z., Qin, T., Zhou, J.,Shi L*.,  Xiao Z* (2017). MLF1IP promotes normal erythroid proliferation and is involved in the pathogenesis of polycythemia vera. FEBS letters 591, 760-773.（共同通讯）

7.      Lee MP, Tanabe O, Shi L, Jearawiriyapaisarn N, Lucas-Alcaraz D, Engel JD. The orphan nuclear receptor TR4 regulates erythroid cell proliferation and maturation. Blood. 2017.

8.      Katsumura KR, Bresnick EH, Group GFM. The GATA factor revolution in hematology. Blood. 2017;129(15):2092-2102.

9.      Chen D, Zuo Y, Zhang X, et al. A Genetic Variant Ameliorates beta-Thalassemia Severity by Epigenetic-Mediated Elevation of Human Fetal Hemoglobin Expression. Am J Hum Genet. 2017;101(1):130-138.

10. Yang Y, Liu C, Lei X, et al. Integrated Biophysical and Biochemical Signals Augment Megakaryopoiesis and Thrombopoiesis in a Three-Dimensional Rotary Culture System. Stem Cells Transl Med. 2016;5(2):175-185.

11. Shi H, Yamamoto S, Sheng M, et al. ASXL1 plays an important role in erythropoiesis. Sci Rep. 2016;6:28789.

12. Zhu, F., Shi, L., Li, H., Eksi, R., Engel, J.D., Guan, Y., (2014). Modeling Dynamic Functional Relationship Networks and Application of Ex Vivo Human Erythroid Differentiation. Bioinformatics

13. Cui, S., Tanabe, O., Lim, K.C., Xu, H.E., Zhou, X.E., Lin, J.D., Shi, L., Schmidt, L., Campbell, A., Shimizu, R., et al. (2014). PGC-1 Coactivator Activity Is Required for Murine Erythropoiesis.Mol cell biol. 34, 1956-1965.

14. Suzuki, M., Yamazaki, H., Mukai, H.Y., Motohashi, H., Shi, L., Tanabe, O., Engel, J.D., and Yamamoto, M. (2013). Disruption of the Hbsl1-Myb Locus Causes Hereditary Persistence of Fetal Hemoglobin in Mouse.Mol Cell Biol. 2013.33(8): 1687-1695

15. Campbell AD, Cui S, Shi L, Urbonya R, Mathias A, Bradley K, Bonsu KO, Douglas RR, Halford B, Schmidt L, Harro D, Giacherio D, Tanimoto K, Tanabe O,Engel JD. Forced TR2/TR4 expression in sickle cell disease mice confers enhanced fetal hemoglobin synthesis and alleviated disease phenotypes. Proc Natl Acad Sci U S A, 2011. 108(46): p. 18808-13.

16. Cui S, Kolodziej K, Obara N, Amaral-Psarris A, Demmers J, Shi L, Engel JD, Grosveld F, Strouboulis J, Tanabe O. Nuclear Receptors TR2 and TR4 Recruit Multiple Epigenetic Transcriptional Co-repressors that Associate Specifically with the Embryonic {beta}-type Globin Promoters in Differentiated Adult Erythroid Cells. Mol Cell Biol, 2011.31(16): 3298-3211

17. O'Geen H, Lin YH, Xu X, Echipare L, Komashko VM, He D, Frietze S, Tanabe O, Shi L, Sartor MA, Engel JD, Farnham PJ. Genome-wide binding of the orphan nuclear receptor TR4 suggests its general role in fundamental biological processes. BMC Genomics, 2010. 11: p. 689.

18. Yin S, Ai JS, Shi L, Wei L, Yuan J, Ouyang YC, Hou Y, Chen DY, Schatten H, Sun QY. Shugoshin1 may play important roles in separation of homologous chromosomes and sister chromatids during mouse oocyte meiosis. PLoS ONE. 2008;3(10):e3516.

19. Ai JS, Wang Q, Yin S, Shi L, Xiong B, OuYang YC, Hou Y, Chen DY, Schatten H, Sun QY. Regulation of peripheral spindle movement and spindle rotation during mouse oocyte meiosis: new perspectives. Microsc Microanal. 2008 Aug;14(4):349-56.

20. Ai JS, Wang Q, Li M, Shi L, Ola SI, Xiong B, Yin S, Chen DY, Sun QY. Roles of microtubules and microfilaments in spindle movements during rat oocyte meiosis.J Reprod Dev. 2008 Oct;54(5):391-6. Epub 2008 Jul 2.

21. Shi L, Ai JS, Ouyang YC, Huang JC, Lei ZL, Wang Q, Yin S, Han ZM, Sun QY, Chen DY. Trichostatin A and nuclear reprogramming of cloned rabbit embryos. J Anim Sci. 2008 May;86(5):1106-13.

22. Shi L, Miao YL, Ouyang YC, Huang JC, Lei ZL, Yang JW, Han ZM, Song XF, Sun QY, Chen DY. Trichostatin A (TSA) Increases the Development of Rabbit-Rabbit Intraspecies Cloned Embryos, but not Rabbit-Human Interspecies Cloned Embryos. DevDyn. 2008 Mar;237(3):640-8.

23. Miao YL, Shi L, Lei ZL, Huang JC, Yang JW, Ouyang YC, Sun QY, Chen DY. Effects of caffeine on in vivo and in vitro oocyte maturation in mice. Theriogenology. 2007 Sep 1;68(4):640-5.