主持或参与国家自然科学基金、国家高技术研究发展计划(863计划)、重大新药创制国家科技重大专项、国际科技合作项目、公益性行业科研专项等。

[1]    国家自然科学基金面上项目，32070368，bZIP转录因子调控甘草响应干旱胁迫及活性成分合成的分子机制研究，2021.1-2024.12，主持

[2]    国家自然科学基金面上项目，81373916，AP2/ERF转录因子对铁皮石斛生物碱合成的调控机制研究，2014.1-2017.12，主持

[3]    国家自然科学基金面上项目，81073001，石斛属药用植物DNA条形码复合序列鉴定研究，2011.1-2013.12，主持

[4]    中国医学科学院医学与健康科技创新工程项目，2021-I2M-1-071，中药生产主要环节外源污染物防控与质量监测提升关键技术研究，2021.10-2025.12

[5]    中国医学科学院医学与健康科技创新工程项目，2016-I2M-3-016，本草基因组协同创新团队，2016.9-2020.12

[6]    重大新药创制科技重大专项，2018ZX09711001-008-007，分子复方的发现技术——基于代谢组学的分子复方发现技术，2018.1-2020.12

[7]    公益性行业科研专项经费项目子任务，201507002-4-1-2，哈蟆油及及混伪品鉴定技术及规范应用研究，2015.6-2018.5，主持

[8]    教育部长江学者创新团队，IRT1150，中药资源学，2012.1-2014.12

[9]    中央级公益性科研院所基本科研业务专项，yz-12-18，基于单分子实时测序技术的石斛属叶绿体全基因组测序，2012/03-2015/02，主持

[10]    国家高技术研究发展计划（863计划），2012AA02160，基于DNA条形码的珍稀药用、野生等资源快速检测技术及产品研发，2012.1-2015.12

[11]    高等学校博士学科点专项科研基金，20091106120011，黄精属药用植物DNA条形码鉴定研究，2010.01-2012.12，主持

[12]    卫生行业科研专项，200802043，药用植物DNA barcoding（条形码）鉴定，2008.06-2011.06

[13]    科技部国际科技合作项目，2007DFA30990，中药材DNA条形码鉴定研究，2007.11-2009.10

[14]    中国博士后基金（一等），20070410123，濒危石斛属DNA Barcoding鉴定研究，2007.03-2008.09，主持

发表论文150余篇，其中SCI论文50余篇，申请专利10项，授权4项。

作为主创人，创建中草药DNA条形码物种鉴定体系，并纳入《中国药典》。出版专著8部，以第一副主编编著《中国药典中药材DNA条形码标准序列》、《中药DNA条形码分子鉴定》和《畲药物种DNA条形码鉴定》。

应用DNA条形码技术，为企业、药检机构、司法等物种基原准确鉴定提供技术支撑。

2020：中国医学科学院 北京协和医学院药用植物研究所2020年度优秀指导教师

2019：中国民族医药学会科学技术奖二等奖（7）

2019：新疆维吾尔自治区科学技术进步奖三等奖（6）

2018：中国医学科学院 北京协和医学院药用植物研究所2018年度优秀指导教师

2018：世中联中医药国际贡献奖-科技进步一等奖（4）

2017：北京协和医学院优秀教师

2016：国家科技进步二等奖（3）

2015：教育部科技进步一等奖（3）

2014：中华中医药学会科学技术奖一等奖（3）

发表的部分论文：

[1]    Fan PH,  Wu LW,  Wang Q, Wang Y,  Luo HM, Song JY, Yang MH, Yao H*,  Chen SL*. Physiological and molecular mechanisms of medicinal plants in response  to cadmium stress:  Current  status  and future perspective. Journal of Hazardous Materials, 2023, 450: 131008. (IF=13.6)

[2]    Chen SL, Yin XM, Han JP, Sun W, Yao H, Song JY, Li XW. DNA barcoding in herbal medicine: Retrospective and prospective. Journal of Pharmaceutical Analysis, 2023, 13(5): 431-441. (IF=8.8)

[3]    Wu LW#,  Fan PH#,  Zhou JG, Li Y, Xu ZC, Lin YL, Wang Y, Song JY, Yao H*.  Gene Losses and Homology of the Chloroplast Genomes of  Taxillus and Phacellaria Species.  Genes (Basel),  2023,  14(4): 943.

[4]    Guo L#*, Yao H#, Chen WK#, Wang XM, Ye P, Xu ZC, Zhang SS, Wu H*. Natural products of medicinal plants: biosynthesis and bioengineering in post-genomic era.  Horticulture Research,  2022,  9:  uhac223. (IF=8.7) 

[5]    Wu LW#, Nie LP#, Guo SY#, Wang QJ, Wu Z, Lin YL, Wang Y, Li BL, Gao T, Yao H*.  Identification of Medicinal Bidens Plants for Quality  Control Based on Organelle Genomes.  Frontiers  in  Pharmacology, 2022, 13: 842131.

[6]    Liao BS#, Shen XF#, Xiang L#, Guo S#, Chen SY, Meng Y, Liang Y, Ding DD, Bai JQ, Zhang D, Czechowski T, Li Y, Yao H, Ma TY, Howard C, Sun C, Liu HT, Liu JS, Pei J, Gao JH,  Wang JG, Qiu XH, Huang ZH, Li HY, Yuan L, Wei JH, Graham I, Xu J*, Zhang BL*, Chen SL*. Allele-aware chromosome-level genome  assembly  of Artemisia  annua reveals the correlation between ADS  expansion  and artemisinin yield. Molecular Plant, 2022, 15(8): 1310-1328.

[7]    Wu LW, Cui YX, Wang Q, Xu ZC, Wang Y, Lin YL, Song JY, Yao H*.  Identification and phylogenetic analysis of five  Crataegus species (Rosaceae) based  on complete chloroplast  genomes.  Planta,  2021, 254(1): 14.

[8]    Zheng XS, An W, Yao H, Xu J, Chen S. Rapid Authentication of the Poisonous Plant Gelsemium elegans by Combining Filter-Paper-Based DNA Extraction and RPA–LFD Detection.  Engineering,  2021, 7(1): 14-16.

[9]    Nie LP#, Xu ZC#, Wu LW, Chen XL, Cui YX, Wang Y, Song JY, Yao H*. Genome-wide identification of protein  phosphatase 2C family members in  Glycyrrhiza uralensis  Fisch. and their 

response to abscisic acid and polyethylene glycol stress. Journal of Taibah University for Science 2021, 15(1): 1260-1268.

[10]    Cui YX, Xu ZC, Chen XL, Nie LP, Wu LW, Wang Y, Song JY, Yao H*. Genome-wide identification of abscisic acid (ABA) receptor pyrabactin resistance 1-like protein (PYL)  family  members  and  expression analysis of PYL genes in response to different concentrations of ABA stress in Glycyrrhiza uralensis. Chinese Journal of Natural Medicines, 2020, 18(8): 606-611.

[11]    Wu LW, Nie LP, Xu ZC, Li P, Wang Y, He CN, Song JY, Yao H*.  Comparative and Phylogenetic Analysis of the Complete Chloroplast  Genomes of Three  Paeonia Section Moutan Species  (Paeoniaceae). Frontiers in Genetics, 2020, 11:980.

[12]    Nie LP, Cui YX, Chen XL, Xu ZC, Sun W, Wang Y, Song JY, Yao H*. Complete chloroplast genome sequence of the medicinal plant Arctium lappa. Genome, 2020, 63: 53-60.

[13]    Nie LP, Cui YX, Wu LW, Zhou JG, Xu ZC, Li YH*, Li XW, Wang Y, Yao H*. Gene Losses and Variations in Chloroplast Genome of Parasitic Plant Macrosolen and Phylogenetic Relationships within Santalales. International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20: 5812.

[14]    Cui YX, Chen XL, Nie LP, Sun W, Hu HY, Lin YL, Li HT, Zheng XL, Song JY, Yao H*. Comparison and Phylogenetic Analysis of Chloroplast Genomes of Three Medicinal and Edible Amomum Species. International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20: 4040.

[15]    Cui YX, Nie LP, Sun W, Xu ZC, Wang Y, Yu J, Song JY, Yao H*. Comparative and Phylogenetic Analyses of Ginger (Zingiber officinale) in the Family Zingiberaceae Based on the Complete Chloroplast Genome. Plants, 2019, 8: 283.

[16]    Chen XL, Cui YX, Nie LP, Hu HY, Xu ZC, Sun W, Gao T, Song JY, Yao H*. Identification and Phylogenetic Analysis of the Complete Chloroplast Genomes of Three Ephedra Herbs Containing Ephedrine. BioMed Research International, 2019, Article ID: 5921725.

[17]    Zhou H, Ma SJ, Song JY, Lin YL, Wu ZJ, Han ZZ, Yao H*. QR code labeling system for Xueteng-related herbs based on DNA barcode. Chinese Herbal Medicines, 2019, 11(1): 52-59.

[18]    Sun W#, Leng L#, Yin QG#, Xu MM#, Huang MK, Xu ZC, Zhang YJ, Yao H, Wang CX, Xiong C, Chen S, Jiang CH, Xie N, Zheng XL, Wang Y, Song C*, Peters RJ*, Chen SL*. The genome of the medicinal plant Andrographis paniculata provides insight into the biosynthesis of the bioactive diterpenoid neoandrographolide. The Plant Journal, 2019, 97(5): 841-857.

[19]    Chen XL#, Zhou JG#, Cui YX, Wang Y,Duan BZ, Yao H*. Identification of Ligularia Herbs Using the Complete Chloroplast Genome as a Super-Barcode. Frontiers in Pharmacology, 2018, 9: 695.

[20]    Zhou JG, Cui YX, Chen XL, Li Y, Xu ZC, Duan BZ, Li YH,Song JY, Yao H*. Complete Chloroplast Genomes of Papaver rhoeas and Papaver orientale: Molecular Structures, Comparative Analysis, and Phylogenetic Analysis. Molecules, 2018, 23(2): 437.

[21]  Xu ZC, Xin TY, Bartels D, Li Y, Gu W, Yao H, Liu S, Yu HY, Pu XD, Zhou JG, Xu J, Xi CC, Lei HT, Song JY*, Chen SL*. Genome analysis of the ancient tracheophyte Selaginella tamariscina reveals evolutionary features relevant to the acquisition of desiccation tolerance. Molecular Plant, 2018, 11(7): 983-994.

[22]  Fu SH, Ma YK, Yao H, Xu ZC, Chen SL, Song JY, Au KF*. IDP-denovo: de novo transcriptome assembly and isoform annotation by hybrid sequencing. Bioinformatics, 2018, 34(13): 2168-2176.

[23]  He L, Fu SH, Xu ZC, Yan J, Xu J, Zhou H, Zhou JG, Chen XL, Li Y, Au KF*, Yao H*. Hybrid sequencing of full-length cDNA transcripts of stems and leaves in Dendrobium officinale. Genes, 2017, 8: 257.

[24] Zhou JG, Chen XL, Cui YX, Sun W, Li YH, Wang Y, Song JY, Yao H*. Molecular Structure and Phylogenetic Analyses of Complete Chloroplast Genomes of Two Aristolochia Medicinal Species. International Journal of Molecular Sciences, 2017, 18(9): 1839.

[25] Li Y#, Zhou JG#, Chen XL, Cui YX, Xu ZC, Li YH, Song JY, Duan BZ, Yao H*. Gene losses and partial deletion of small single-copy regions of the chloroplast genomes of two hemiparasitic Taxillus species. Scientific Reports, 2017, 7(1): 12834.

[26]  Yao H#, Song Y#, Liu C#,Luo K, Han JP, Li Y, Pang XH, Xu HX, Zhu YJ*, Xiao PG, Chen SL*. Use of ITS2 Region as the Universal DNA Barcode for Plants and Animals. PLoS ONE, 2010, 5(10): e13102. （ESI高被引论文）

[27]  Gao T#, Yao H#, Song JY, Liu C, Zhu YJ, Ma XY, Pang XH, Xu HX, Chen SL*. Identification of medicinal plants in the family Fabaceae using a potential DNA barcode ITS2. Journal of Ethnopharmacology, 2010, 130(1): 116-121.（他引次数大于100）

[28]  Chen SL*, Yao H, Han JP, Liu C, Song JY*, Shi LC, Zhu YJ, Ma XY, Gao T, Pang XH, Luo K, Li Y, Li XW, Jia XC, Lin YL, Leon C. Validation of the ITS2 Region as a Novel DNA Barcode for Identifying Medicinal Plant Species. PLoS ONE, 2010, 5(1): e8613. （ESI高被引论文）

[29]  Yao H,Song JY, Ma XY, Liu C, Li Y, Xu HX, Han JP, Duan LS, Chen SL*. Identification of Dendrobium Species by a Candidate DNA Barcode Sequence: the Chloroplast psbA-trnH Intergenic Region. Planta Medica, 2009, 75: 667-669.

[30]  武立伟，徐志超，王清，聂丽萍，崔英贤，王瑀，宋经元，姚辉*. 响应ABA胁迫的甘草bZIP转录因子的系统筛选与分析. 药学学报，2022，57(03)：818-830.

[31]  武立伟，崔英贤，聂丽萍，徐志超，王瑀，宋经元，焦连魁*，姚辉*. 细茎石斛叶绿体全基因组序列特征及系统发育分析. 药学学报，2020，55（5）：1056-1066.

[32]  马双姣#，周建国#，李滢，陈新连，吴明丽，孙伟，李永华，宋经元，姚辉*. 薯蓣和叉蕊薯蓣叶绿体基因组及特异性DNA条形码鉴定序列筛选研究. 中国科学: 生命科学，2018，48：571-582.

[33]  姚辉，杨培, 周红, 马双姣, 宋经元, 陈士林*. 基于叶绿体psbK-psbI序列的石斛属药用植物鉴定. 药学学报，2015，50 (6)：783−787.

[34]  陈士林*，姚辉，韩建萍，韩建萍，辛天怡，庞晓慧，石林春，罗焜，宋经元，侯典云，石上梅，钱忠直. 中药材DNA条形码分子鉴定指导原则. 中国中药杂志，2013，38(2)：141-148.

[35]  朱英杰，陈士林，姚辉*，谭睿*，宋经元，罗焜，鲁静. 重楼属药用植物DNA条形码鉴定研究. 药学学报, 2010, 45（3）: 376-385.