本团队一直致力于丹参、茯苓等重要药用植物和药用真菌的基因组学和功能基因组学研究，先后获得了丹参和茯苓基因组图谱，并利用转录组学、代谢组学等手段深入开展丹参和茯苓活性成分的次生代谢产物生物合成途径解析、调控丹参发育及形态建成的关键因子鉴定、丹参抗病、抗逆的生理及分子基础等方面的研究。

      以萜类活性成分生物合成及调控机制解析为研究重点，基于前期课题组获得的转录组数据，从中筛选到大量参与丹参酮、丹酚酸、茯苓酸、人参皂苷、灵芝酸等重要的药用活性成分合成途径关键酶新基因和调控这些活性成分生物合成的转录因子新基因。同时开展重要萜类化合物的合成生物学研究，并以控制药用植物优良性状的功能基因作为潜在的标记基因，开发控制药用植物优型优质的分子标记，加快药用植物优良种质培育及选育进程。

       先后培养硕士研究生6名，已毕业3名，联合培养硕士研究生2名（已毕业）。

先后主持并参加国家自然科学基金面上项目和青年项目、科技部“十二·五”国家科技支撑计划项目、中国医学科学院医学与健康科技创新工程、中国医学科学院协和学者与创新团队发展计划、吉林省重大科技攻关项目和财政部中央级公益性科研院所基本科研业务专项等项目。

1、药材生产主要环节质量监测及提升关键技术研究  2021/12-2025/12  中国医学科学院医学与健康科技创新工程  参与

2、SmTPS功能解析及其催化丹参萜类化合物多样性的形成机制研究  2020/01-2023/12国家自然科学基金面上项目  主持

3、本草基因组协同创新团队  2016/09-2020/12  中国医学科学院医学与健康科技创新工程  参加

4、药用植物丹参萜类次生代谢产物的合成与调控  2018-2019  2018年度高校外国文教专家聘请计划项目  主持

5、催化丹参酮合成的细胞色素P450新基因的系统筛选与功能鉴定  2016/01-2019/12  国家自然科学基金面上项目  主持

6、关键酶编码基因的可变剪接对丹参酮合成调控机制研究  2016/01-2019/12  国家自然科学基金面上项目  参加

7、中药材高效种植示范基地及资源圃建设  2015/01-2017/12  国家“十二五”科技支撑计划  参加

8、基于宏量ESTs的蛇足石杉转录组分析及石杉碱甲合成酶(HAS)基因的鉴定研究2010/01-2012/12  国家自然科学基金青年科学基金项目  主持

9、《本草基因组学》在线课程建设  2020/01-2021/12  北京协和医学院研究生课程信息化建设项目  参加

代表性论文：

1.      Chen Hongyu(#), Guo Miaoxian(#),Dong Shuting(#), Wu Xinling, Zhang Guobin, He Liu, Jiao Yuannian,Chen Shilin*, Li Li*, Luo Hongmei*.A chromosome-scale genome assembly of Artemisia argyi reveals unbiasedsubgenome evolution and key contributions of gene duplication to volatileterpenoid diversity. PlantCommunications, 2023, 4:100516

2.       GuoMiaoxian, Chen Hongyu, Dong Shuting, Zhang Zheng *, Luo Hongmei*.CRISPR‑Casgene editing technology and its application prospect in medicinal plants. Chinese Medicine, 2022,17:33

3.       Luo Hongmei(#), Qian Jun(#),Xu Zhichao, Liu Wanjing, Xu Lei, Li Ying, Xu Jiang, Zhang Jianhong, Xu Xiaolan,Liu Chang, He Liu, Li Jianqin, Sun Chao, Martin Francis*, Song Jingyuan*, ChenShilin*. The Wolfiporia cocos genome and transcriptome shed light on theformation of its edible and medicinal sclerotium. Genomics, Proteomics &Bioinformatics, 2020, 18: 455−467

4.       CaoHongbo, Luo Hongmei, Yuan Hui, EissaMohamed A, Thannhauser Theodore W, Welsch Ralf, Hao Yu-Jin, Cheng Lailiang, LiLi. A neighboring aromatic-aromatic amino acid combination governs activitydivergence between tomato phytoene synthases. Plant Physiology, 2019, 180(4): 1988−2003

5.       XuHaibin (#),Song Jingyuan (#),Luo Hongmei (#),ZhangYujun, Li Qiushi, Zhu Yingjie, Xu Jiang, Li Ying, Song Chi, Wang Bo, Sun Wei,Shen Guoan, Zhang Xin, Qian Jun, Ji Aijia, Xu Zhichao, Luo Xiang, He Liu, LiChuyuan, Sun Chao, Yan Haixia, Cui Guanghong, Li Xiwen, Li Xian’en, Wei Jianhe,Liu Juyan, Wang Yitao, Hayward Alice, Nelson David, Ning Zemin, Peters ReubenJ., Qi Xiaoquan, Chen Shilin. Analysis of the genome sequence of the medicinalplant Salvia miltiorrhiza. Molecular Plant, 2016, 9(6):949−952