1、基于磁共振影像的肾肿瘤智能病理分型和分级研究，国自然面上项目，2021.01-2024.12，59万，主持，在研；

2、肾癌组织病理图像的虚拟重染色研究，北自然面上项目，2023.01-2025.12，20万，主持，在研；

3、中国人群尿路上皮癌精准诊疗关键技术及规范化临床体系建立，科技部国家重点研发计划，2023.11-2026.10，骨干，在研；

4、基于临床大数据平台的前列腺癌肿瘤组学研究，卫健委信息中心，2019.01-2020.06，15万，主持，结题；

5、后腹腔镜根治性肾切除规范化技术的推广应用，北京市卫计委，2018.08-2019.12，8万，主持，结题；

6、ATF5、TCF4相互作用调控肾小管上皮细胞生长和增殖的分子机制，国家自然科学基金，青年项目，2008.01-2010.12，18万元，主持，结题；

1、基于磁共振影像的肾肿瘤智能病理分型和分级研究，国自然面上项目，2021.01-2024.12，59万，主持，在研；

2、肾癌组织病理图像的虚拟重染色研究，北自然面上项目，2023.01-2025.12，20万，主持，在研；

3、中国人群尿路上皮癌精准诊疗关键技术及规范化临床体系建立，科技部国家重点研发计划，2023.11-2026.10，骨干，在研；

4、基于临床大数据平台的前列腺癌肿瘤组学研究，卫健委信息中心，2019.01-2020.06，15万，主持，结题；

5、后腹腔镜根治性肾切除规范化技术的推广应用，北京市卫计委，2018.08-2019.12，8万，主持，结题；

6、ATF5、TCF4相互作用调控肾小管上皮细胞生长和增殖的分子机制，国家自然科学基金，青年项目，2008.01-2010.12，18万元，主持，结题；

以第一作者和通讯作者在Nature Comunications，Theranostics，British Journal of Cancer，Journal of Molecular Cell Biology，Journal of Endourology及科学通报、中华泌尿外科杂志、中华实验外科杂志、北京大学学报（医学版）等国内外期刊发表学术论著多篇。曾获北京市科学进步奖三等奖、中国医院协会科技创新奖三等奖。

通讯作者

1. Zhineng Chen, Jing Wang, Caiyan Jia, Xiongjun Ye, “Pathological image super resolution using mix attention generative adversarial network”, International Journal of Machine Learning and Cybernetics, vol. 15, pp. 149-159, 2024.

2. Xinyue Wu, Zhineng Chen, Changgen Peng, Xiongjun Ye, “MMSRNet: Pathological Image Super-resolution by Multi-task and Multi-scale Learning”, Biomedical Signal Processing and Control, vol. 81, 104428:1-11, 2023.3.8

3. Yuexiao Liang, Zhineng Chen, Xin Chen, Caiyan Jia, Xiongjun Ye, Xieping Gao, “Dual Contrastive Learning Guided Pathological Image Re-staining”, 2024 IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing (ICASSP), Seoul, Korea, pp. 1881-1885, Apr. 2024.

4. Kexin Sun, Zhineng Chen, Gongwei Wang, Jun Liu, Xiongjun Ye, Yu-Gang Jiang, “Bi-directional Feature Fusion Generative Adversarial Network for Ultra-high Resolution Pathological Image Virtual Re-staining”, IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR’23), Vancouver, Canada, pp. 3904-3913, Jun. 2023.

5. Ying Gan1,2† , Aolin Li 1,2† , Jun Liu3,4 , Xiaofei Wang1,2 , Zhenan Zhang1,2 , Qinhan Li 1,2 , Xiongjun Ye3,4 *, Lin Yao1,2 * and Qian Zhang1,2 *. m6 A-mRNA Methylation Regulates Gene Expression and Programmable m6 A Modification of Cellular RNAs With CRISPR-Cas13b in Renal Cell Carcinoma. Front Genet. 2022 Jan 21;12:795611.doi: 10.3389/fgene.2021.795611. eCollection 2021. 

6. Jun Liu, Jingjun Zhang, Weinan Chen, Liulin Xiong, Xiaobo Huang, Xiongjun Ye. Crossing vessels with suspension versus transposition in laparoscopic pyeloplasty of patients with ureteropelvic junction obstruction: a retrospective study. BMC Urology, 2021, 21(1)：77. 

7. Baoan Hong1, Huimin Hou2, Lingxiao Chen3, Zhi Li3, Zhipeng Zhang2, Qiang Zhao1, Xin Du1, Yuan Li3,4*, Xiongjun Ye5*, Wanhai Xu6*, Ming Liu2* and Ning Zhang1*. The Clinicopathological Features and Prognosis in Patients With Papillary Renal Cell Carcinoma: A Multicenter Retrospective Study in Chinese Population. Front. Oncol., 21 September 2021 | https://doi.org/10.3389/ fonc.2021.753690. 

8. Liu Yang, Haiyan Yang, Yunxiang Chu, Yunhao Song, Lidan Ding, Bingtao Zhu, Wanli Zhai, Xuning Wang, Yanshen Kuang, Fangli Ren, Baoqing Jia, Wei Wu, Xiongjun Ye, Yinyin Wang, Zhijie Chang. CREPT is required for stem cell maintenance during intestinal regeneration. Nature Communications. 2021 Jan 11;12(1):270-283.

9. 刘 军, 曹庆飞, 叶雄俊, 陈伟男, 赵海岳, 佟明, 王银银, 黄晓波, 常智杰. CREPT 在肾癌组织中的表达及其与预后的关系. 首都医科大学学报. 2020, 41(4): 552-557.

10. Yin H, Cao Q, Zhao H, Wang S, Chen W, Zhang X, Chang, Z, Xu T, Ye, X. Expression of CREPT is associated with poor prognosis of patients with renal cell carcinoma. Oncology Letters. 2019, 18(5):4789-4797. 

11. 赵海岳，叶雄俊，陈伟男，安立哲，刘军，熊六林，黄晓波。腹腔镜肾盂成型术中异位血管的处理方法. 北京大学学报（医学版）. 2019, 51(4): 660-664.

12. Zhong W, Yao L, Cui H, Yang K, Wang G, Xu T, Ye X, Li X, Zhou L. Laparoscopic ureteral reimplantation with extracorporeal tailoring and direct nipple ureteroneocystostomy for adult obstructive megaureter: long‑term outcomes and comparison to open procedure. Int Urol Nephrol. 2017, 49(11):1973-1978. 

13. 陈伟男，叶雄俊，刘士军，熊六林，黄晓波，徐涛，王晓峰. 三种手术方式治疗肾盂输尿管连接部梗阻的疗效及并发症比较. 北京大学学报（医学版）. 2016, 48(5): 817-821.

14. Zhu H, Ye X, Xiao X, Chen X, Zhang Q, Wang H. Retrograde, Antegrade, and Laparoscopic Approaches to the Management of Large Upper Ureteral Stones After Shockwave Lithotripsy Failure: A Four-Year Retrospective Study. J Endourol, 2014, 28(1): 100-103. 

15. 张力杰，叶雄俊，黄晓波，熊六林，马凯，李建兴，王晓峰. 无管化经皮肾镜和输尿管镜碎石术处理最大径线1.5cm以上输尿管上段结石的比较. 北京大学学报（医学版）, 2015, 47(1): 170-174. 

第一作者

1. Tongtong Liu, Xiongjun Ye, Kai Hu, Dapeng Xiong, Yuan Zhang, Xuanya Li, Xieping Gao, Polyp segmentation with distraction separation, Expert Systems with Applications, Volume 228, 2023,120434.

2. Ya Tang, Xiongjun Ye, Xuanya Li, Zhineng Chen, “Multi-object Localization and Irrelevant-semantic Separation for Nuclei Segmentation in Histopathology Images”, 2023 IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing (ICASSP), Rhodes Island, Greece, pp. 1-5, Jun. 2023.

3. Xiongjun Ye1,†, Fujun Peng2,3,†, Jun Liu1 , Haiyue Zhao1 , Weinan Chen1 , Huanrui Wang1 , Peng Zhang4,*, and Xiaobo Huang1. IPPC: An Interactive Platform for Prostate Cancer Multi-Omics Data Integration and Analysis. Journal of Molecular Cell Biology. 2021, https://doi.org/10.1093/jmcb/mjab004 (2021), 13(5), 383–385.

4. Wanli Zhai, Xiongjun Ye, Yinyin Wang1, Yarui Feng1, Ying Wang1, Yuting Lin1,2, Lidan Ding1, Liu Yang1, Xuning Wang4, Yanshen Kuang4, Xinyuan Fu5, Y. Eugene Chin6, Baoqing Jia4, Bingtao Zhu, Fangli Ren and Zhijie Chang. CREPT/RPRD1B promotes tumorigenesis through STAT3-driven gene transcription in a p300-dependent manner, British Journal of Cancer. 2021,  124(8):1437-1448.

5. Lizhi Shao#, Ye Yan#, Zhenyu Liu#, Xiongjun Ye#, Haizhui Xia, Xuehua Zhu, Yuting Zhang, Zhiying Zhang, Huiying Chen, Wei He, Cheng Liu, Min Lu, Yi Huang, Lulin Ma, Kai Sun, Xuezhi, Zhou, Guanyu Yang, Jian Lu and Jie Tian. Radiologist-like artificial intelligence for grade group prediction of radical prostatectomy for reducing upgrading and downgrading from biopsy. Theranostics, 2020:10(24): 11110-11122.

6. 叶雄俊，刘军，安立哲，熊六林，徐涛，黄晓波. 麦氏点斜切口在全腹腔镜下肾输尿管全长切除术中的应用. 北京大学学报(医学版), 2018, 50(4):762-765.

7. 叶雄俊, 刘军, 阿不都克依木.阿不力米提, 熊六林, 刘士军, 徐涛, 黄晓波. 后腹腔镜联合经腰小切口“杂交”手术在复杂肾肿瘤保留肾单位手术中的应用. 北京大学学报（医学版）, 2017, 49(4): 13-17.

8. 叶雄俊，钟文龙，熊六林，马凯，徐涛，黄晓波，王晓峰. 后腹腔镜肾脂肪囊外肾蒂淋巴管结扎术治疗乳糜尿的疗效分析. 北京大学学报（医学版）, 2016, 48(4): 618-621.

9. 叶雄俊，梁永强，熊六林，李建兴，马凯，黄晓波，王晓峰. 经皮肾镜处理肾盏憩室结石的技术改进和经验总结. 中华泌尿外科杂志, 2014, 35(11): 823-826.

10. 叶雄俊，张力杰，刘士军，熊六林，马凯，黄晓波，王晓峰，那彦群. 腹腔镜下肾部分切除术后早期出血原因分析及处理体会. 中华泌尿外科杂志, 2014, 35(10): 721-725.

11. 叶雄俊，阮永同，熊六林，马凯，黄晓波，王晓峰，那彦群. 多发转移性肾癌舒尼替尼新辅助治疗后减瘤手术一例报告并文献复习. 中华泌尿外科杂志, 2013, 34(6): 466-469.

12. 叶雄俊, 李建兴, 黄晓波, 孙烨, 孙昆昆, 杨波, 马凯, 王晓峰. 肾窦脂肪瘤病的临床诊断特点及肾镜处理其合并铸型结石的初步探讨. 中国微创外科杂志, 2008, 8(3): 255-257.

13. 叶雄俊, 李建兴, 黄晓波, 孙烨, 孙昆昆, 杨波, 马凯, 王晓峰. 肾脏替代性脂肪瘤病合并铸型结石的肾镜治疗. 中华临床医师杂志（电子版）, 2007, 1(7):532-535.

14. 叶雄俊, 张志文, 李建兴, 熊六林, 黄晓波, 王晓峰. 性激素结合球蛋白介导前列腺细胞内激活的实验研究. 中华泌尿外科杂志, 2007, 28(11): 759-762.

15. 叶雄俊, 林桂亭, 常智杰, 张志文, 辛殿祺, 王晓峰, 郭应禄. T细胞因子4显性负调节基因△NTCF4对肾癌细胞GRC-I生物学性状的影响. 中华泌尿外科杂志, 2006, 27(12): 804-807.

16. 叶雄俊, 常智杰, 林桂亭, 张志文, 辛殿祺, 王晓峰, 郭应禄. 激活转录因子5 的克隆及其在真核细胞中的表达定位. 中华泌尿外科杂志, 2005, 22(6): 705-707.

17. Xiong-Jun Ye, Xiao-Feng Wang, Gui-Ting Lin, Zhi-Wen Zhang, Jun-Kui Ai, Dian-Qi Xin, Zhi-Jie Chang, Ying-Lu Guo. Activating Transcription Factor 5 (ATF5) interaction with Wnt-signaling molecular TCF4 activates the Cyclin D1 promoter and induces proliferation of renal cell line. The Journal of Urology, 2004, 171 (4, Supplement):264-265. (Conference Abstract, In English)

18. Ye Xiongjun, Zhang Zhiwen, Zhang Xinjun, Lin Guiting, Xiong Shiqin, Jin Guihua, Han Liang, Huang Shisi, Chen Peila, Ai Junkui, Xin Dianqi, Guo Yinglu, Chang Zhijie. Functional Interaction of TCF4 with ATF5 to Regulate the Wnt Signaling Pathway. Chinese Science Bulletin, 2003, 48(7): 668-673.

19. 叶雄俊, 张志文, 张新军, 林桂亭, 熊世勤, 金桂花, 韩亮, 黄世思, 陈培拉,艾军魁, 辛殿祺, 郭应禄, 常智杰.  ATF5与TCF4相互作用及其对Wnt信号通路的调控. 科学通报, 2003, 48(6): 582-586.

20. 叶雄俊, 林桂亭, 张志文, 陈培拉, 辛殿祺, 常智杰, 郭应禄. 从人肾癌酵母双杂交文库中筛选TCF4相关蛋白. 中华泌尿外科杂志, 2003, 24(12): 797-799.

21. 叶雄俊, 常智杰, 张志文, 郭应禄. Wnt信号通路调控细胞癌变的分子开关:T细胞因子. 中华泌尿外科杂志, 2003, 24(6)：423-425. 

22. 叶雄俊, 张志文, 林桂亭, 金桂花, 陈培拉, 韩亮, 黄世思, 艾军魁, 辛殿祺,郭应禄, 常智杰. 激活转录因子5在肾癌细胞系中的表达及意义. 中华泌尿外科杂志, 2003, 24(4): 223-225.

23. 叶雄俊, 张志文, 郭应禄. 血管内皮生长因子在膀胱癌预后判断和监测复发中的意义. 中华泌尿外科杂志, 2002, 23(7): 443-444.

译著

郭应禄，李学松主译, 谌诚, 叶雄俊, 张骞副主译. Smith腔内泌尿外科学（第2版）. 北京：人民卫生出版社，2011