马旭研究员作为北京协和医学院研究生导师，近20年来共培养研究生58人，其中博士32人、硕士26人。多名学生在读期间获得“优秀研究生”称号和优秀学业奖学金，多名学生参加国际学术会议展示研究成果、进行学术交流。毕业生就业广泛，去向包括国内外著名大学继续深造、科研机构、医疗卫生机构、高校、知名企业和入选各省市选调生等。

目前是国家重点研发计划项目和国家医学与健康科技创新工程重大协同创新项目首席专家，国家科技资源共享服务平台专项和颠覆性科技专项负责人。曾主持国家973、国家863、国家科技支撑计划、国际（中美）科技合作、国家科技基础性专项等多项重大科研项目（课题）。主要研究方向：自然人群队列与健康表型组研究、深度学习与新一代人工智能算法、高性能计算与生物信息学、干细胞与生物再生材料、基因编辑与基因治疗、人体能源再生与生命信号传感。

2006 年至今，研究团队在JAMA子刊、PNAS等国际权威杂志发表高水平学术论文多篇，学术论著 3 部，获多项发明专利、软件著作权和标准。