近三年科研项目：

1、中国医学科学院创新工程项目 “生物医学本体支持的通用数据元素表示和应用系统建设” （No.2018-I2M-AI-009）, 项目负责人

2、中国医学科学院创新工程  “人口健康科学大数据智能管理与高效利用技术体系建设（2021-I2M-1-057）”, 任务负责人

3、中国医学科学院创新工程   “人口健康科学数据中心及新冠肺炎相关数据资源整合共享平台建设” （2020-I2M-2-001）, 任务负责人   

4、国家重点研发计划 “中国重大疾病与罕见病临床与生命组学数据库”（2017YFC0908404），参加

5、国家基础条件平台 国家人口健康科学数据中心（基础医学） 常务负责

感兴趣的研究领域:

(1)     生物医学本体（ontology）开发与管理：生物医学本体是生物医学信息学数据分析和数据管理中一类基础性资源。本课题组参与了一系列符合OBO准则的本体开发，并建立了MedPortal本体资源库（http://medportal.bmicc.cn）提供本体资源的服务。

(2)     本体与数据元素标准化支持的生物医学数据分析：利用人工智能等多种方法和手段，以本体为核心进行基因型-表型数据关系研究。

(3)     标准化的生物医学数据资源建设：围绕国家人口健康科学数据中心（基础医学）项目开展生物医学领域的科学数据的管理与建设。

近期论文：

Wenjia Zhang, Zhizhen Lai, Xiaoyue Liang,Zhonghao Yuan, Yize Yuan, Zhigang Wang, Peng Peng, Liangyu Xia, XiaoLin Yang,Zhili L. Metabolomic biomarkers for benign conditions and malignant ovariancancer: Advancing early diagnosis. Clinica Chimica Acta, 2024: 119734. 

Zhigang Wang, YongQun He, Jing Huang,XiaoLin Yang*. Integrative web-based analysis of omics data for study of drugsagainst SARS-CoV-2. 2021, 11:10763 

Hongjie Pan, Xiaocui Bian,ShengYang,Yongqun He, Xiaolin Yang*, Yuqin Liu*. The celllineontology-basedrepresentation, integration and analysis of cell lines usedinChina.  BMC Bioinformatics 2019,20(S5):249-258 

Xiaoyi Tian, Di Chen, RanZhang, JunZhou,Xiaozhong Peng, Xiaolin Yang*, Xiuru Zhang*, Zhi Zheng*.  Quantitative survey of multiple CpGsfrom5genes identifies CpG methylation panel discriminating between high-andlow-gradecervical intraepithelial neoplasia. Clinical Epigenetics, 2015,7(1):4 

Yongqun He*, Hong Yu, EdisonOng, YangWang,Yingtong Liu, Anthony Huffman, Hsin-Hui Huang, John Beverley,Junguk Hur,Xiaolin Yang, Luonan Chen, Gilbert S Omenn, Brian Athey,BarrySmith. CIDO, acommunity-based ontology for coronavirus disease knowledgeanddata integration,sharing, and analysis. Scientific Data 2020, 7(1) 

Hongjie Pan, Yan Zhu, ShengYang,ZhigangWang, Wei Zhou, Yongqun He, Xiaolin Yang∗ Biomedical ontologies and their development, management, andapplications in and beyond China. Journal of Bio-X Research 2019, 2(4):1 

Zhigang Wang, Wei Liu, ChongChen, XiaolinYang, Yunping Luo，Bailin Zhang，Low mutation and neoantigen burdenand fewer effector tumorinfiltrating lymphocytes correlate with breast cancermetastasization to lymphnodes，Scientific Reports 2019, 9: 253 

Xiaolin Yang*, Zhe Wang, HongjiePan, YanZhu, Ontology: Footstone for Strong Artificial Intelligence, ChineseMedicalSciences Journal 2019, 34(4):277-280 

孟祥福; 杨子毅; 杨啸林; 侯嘉玥; ",基于病理组织切片的肺腺癌肿瘤突变负荷预测模型,中国生物医学工程学报,42,6,698-709,2023, 

郭靖文, 杨晟,史涪仁, 邵晨, 张璐璐, 王恒*, 杨啸林*.MedPortal:面向精准医学的生物医学本体资源存储和应用平台. 中国生物医学工程学报,2017; 36(5): 557-564. 

张璐璐, 杨晟,史涪仁, 潘虹洁, 王志刚, 杨啸林*. 本体支持的生物医学领域元数据异质性与可兼容性研究. 中国生物医学工程学报,2019; 38(3): 324-331 

孙德伟， 王志刚，杨啸林， 孟祥福, 基于深度学习的肺腺癌肿瘤突变负荷的预测,中国生物医学工程学报 40(6), 681-690，2021 

杨啸林， 杨晟，潘虹洁， 王哲， 王志刚， 何勇群 FAIR 准则与生物医学数据标准应用服务,中国医学伦理学 33(2), 153-159 

傅征然, 朱彦, 王晓玲, 杨啸林, 基于openFDA的诺西那生不良反应真实世界研究.中国医院药学杂志  2021, Vol. 41 Issue (16): 1665-1669 

Zhu, Yan; Yao, Keyu; Peng, Suyuan; Yang,Xiaolin; ",Traditional Chinese Medicine (TCM) Domain Ontology: CurrentStatus and Rethinking for the Future Development,Chinese Medical SciencesJournal,37,3,228-234,202

教授课程：

1、研究生课程《应用生物信息学》（北京协和医学院精品课程）     课程负责人

2、研究生课程《生理学的物理分析》 参与授课

3、临床八年制 《生物医学工程》       参与授课

4、研究生课程  《医学知识组织》      参与授课

5、研究生课程  《科学数据管理与应用》  课程负责人